时任解放军二十八军炮兵副军长的刘华后来回忆说：“上面只知道按地图下达命令，说一声：'限时进入阵地!'要知道，地图上标的路都是一些土路、小路，窄得很，加上下雨，到处泥浆，部队同时出来，又堆到一块了，谁都想头一个进去，谁也不让谁。现在检讨，我们指挥上确实有不少问题。我真急成了没头苍蝇、热锅上的蚂蚁了，因为我们完全在金门的火力范围之内，如拂晓前部队不能就位隐蔽，敌人发觉首先向我开炮，损失将无法估计。我们根本就没法还炮，也没法疏散，只能干挨打。万幸，天亮前各部队都到了位。坏天气也有好处，使敌人观察不便、容易麻痹，我们这边千军万马大折腾，那边仍然在糊里糊涂睡大觉，真让人难以相信。但现在回想起来，也确实险象环生，让人后怕。”
连绵的暴雨也使得疾病在解放军中蔓延，尤数痢疾最为盛行，高峰时甚至有的连队超过半数的人都患上痢疾。由于药品不足，许多人由此落下了病根。南方红土碱性大，每天泡在泥里，百分之七八十的官兵烂脚，轻者脱皮、流血，重者化脓、掉趾甲，甚至骨头都露出来。整天生活在潮湿的雨水中，不少人还患上了风湿性关节炎。
在如此恶劣的环境下，苍蝇、蚊子、蟑螂、蜈蚣、蝎子等又成群结队地来捣乱，以至于当时士兵们有一种说法：“当头号二号公敌根本轮不到美帝、蒋介石。”8月上旬，按照预定的作战方案，炮兵进入阵地就绪。只等中央一声令下，解放军就会在同一时间对金门、马祖发动猛烈的炮火袭击，重点打击金门，集中袭击炮兵阵地和重要仓库，然后转入对空作战，并以海岸炮兵火力封锁对方港口和机场，继续打击炮兵及有生力量。
然而，就在一切准备完毕之后，毛泽东下令暂停。在转交给叶飞的信中，他这样说：“打金门停止若干天似较适宜。目前不打，看一看形势。彼方换防不打，不换防也不打。等彼方无礼进攻，再行反攻。中东解决，要有时间，我们是有时间的，何必急呢?暂时不打，总有打之一日。彼方如攻漳、汕、福州、杭州，那就最妙了。……如彼来攻，等几天，考虑明白，再作攻击。以上种种，是不是算得运筹帷幄之中，制敌千里之外，我战则克，较有把握呢?不打无把握之仗的原则，必须坚持。”从毛泽东的信中可以看出，毛泽东是下了决心攻打金门的，但是却不得不考虑国际形势。
对蒋介石来说，金门炮战的发生，他已经早有预感。1958年8月20日凌晨，蒋介石乘坐一艘“中”字号登陆舰夜航金门。清晨时分，蒋介石在金门料罗湾军用码头上岸。
在“古宁头大捷英雄连队”荣史室，蒋介石题了“冬天饮寒水，黑夜渡断桥” “忍性吞气，茹苦饮痛;耐寒扫雪，冒热灭火”“千秋气节久弥著，万古精神又日新”三副对联。他解释道，这三副对联是他来台之后每日记诵的座右铭：第一联是初来台湾时的心情写照;第二联是痛定思痛之后决心一切从头开始的誓言;第三联则是必须永远追求的崇高境界。蒋介石勉励部下应当深刻体会，树立信心勇气，磨砺卧薪尝胆的志向。不过，没有想到的是，就在蒋介石到金门的同一天，在北戴河会议上，毛泽东认为条件成熟，已经作出了3天后炮击金门的决定。
尽管胡琏为金门的防御进行了积极的工事准备，但是解放军通过侦察，还是将金门的营区、仓库、雷达阵地等重要信息成功标示出来。不过，由于胡琏将最重要的心脏部位--金门防卫司令部(简称金防部)设在绵延数里的北太武山背面山脚下，从大陆任何角度都没有办法观测到，因此无法判断其具体位置。
