台湾当局和日本缔结的“中日和约”，明确西沙、南沙群岛主权属于中国
1947年3月，国民政府将东沙、西沙及南沙群岛的管辖权从广东省政府转交海军部，并在1949年4月正式改隶为海南岛特别行政区。1949年，美国军机在南中国海失事。美国军方与菲律宾人员搭乘CAPF-504舰艇，于1月28日驶入太平岛水域，要求在太平岛周域搜索飞机残骸证物。驻太平岛的南沙管理处主任彭运生出面接洽，要求美方通过官方程序，取得中国政府许可，才得搜索。翌日，双方在得到中国政府的同意后，美军上岛搜索。在没有结果的状况下，美军在1月29日下午4时搭船离去。
其后，法国趁国共内战正酣之际，再次占领西沙、南沙群岛部分岛屿，并于1950年将所占岛屿的管辖和保护权移交给南越政权。可是，无论法军还是南越军队再也没有涉足南沙主岛太平岛，即使日后台北弃守太平岛，法军、南越军队再也没有登上太平岛。
在国民党军队大溃退的1949年6月6日，国民政府还不忘公布《海南特别行政长官公署组织条例》。其第一条规定:“海南特别区包括东沙、中沙、西沙、南沙群岛。大小礁、滩、沙洲、暗礁，均改属海南特别区，仍由海军代管。”1950年5月，人民解放军解放了海南岛。国民党部队在撤离海南的同时，驻守南沙及西沙的国民党军一齐撤离，包括驻太平岛的部队也乘“中胜”舰撤回台湾军港。此后5年间，南沙群岛及西沙群岛呈无政府管辖状态。
