1949年1月1日，蒋发表《元旦文告》，说“只要神圣的宪法不由我而违反，民主宪政不因此而破坏，中华民国的国体能够确保，中华民国的法统不致中断，。.则个人进退出处，绝不萦怀，而一惟国民公意是从”。但蒋仍心有不甘，在发表文告一周后，蒋介石嘱外交部长吴铁城以《和谈决议》通知美、英、苏、法四国驻华大使，请其协助完成和谈，均遭拒绝。内外交迫，众叛亲离至此，蒋介石无奈下野。并以此为由试图拖延时日。蒋经国在他写的回忆录《风雨中的宁静》一书中说：“父亲引退，离开南京，临行时候，曾到紫金山国父陵寝谒别。当天晚上到达杭州，就住在笕桥空军军官学校，那时父亲的心情当然显得十分沉重。”
蒋引退下野后，由副总统李宗仁代行总统职权。此为其下野时间最长一次，但亦为最名不符实之一次。李宗仁总统只不过虚有其名，蒋介石暗中仍以国民党总裁身份掌控全局，指挥部队战斗。蒋介石终不改其强人本色，他一面令军、政、特头目“作战到底”，一面与宋子文等密谋。
1949年4月，国共举行了北平和谈，但中国共产党的要求国民党无法接受，谈判宣告破裂。蒋再度公开出面，召集李宗仁、何应钦、白崇禧等到杭州商讨“最后一战的全面作战计划”。未及全面作战，中国人民解放军大举过江，翌日即占领了南京。李宗仁在败退之后，寓居美国，并一直不辞虚有其名之“总统”职位，令在台主政的蒋颇为尴尬。但蒋以责任在肩为由，其后悍然复职，他于1950年3月向党、政、军干部昭告“反共复国”的精神，并以此赋予自己“复职”的光明正大之义：“我每一次复职时所预定的目标，亦无不按照计划完成。我在第一次复职以后，不到八个月的工夫，北伐即告成功。第二次复职以后，虽然经过十四年的长期奋斗，但终于促使日本投降。现在是第三次复职了，这一次复职以后，我们革命的目标，是恢复中华民国，消灭共产国际。。.我相信我们一定可以完成我第三次复职的使命。”
八个月，十四年，。.在蒋介石自己的讲述中，其第三次复职之奋斗时限最初为三年，后来又更改为十年，迄至其逝日，这一目标仍遥不可及。
