鹰击6号空舰导弹秉承我国反舰导弹重视威力的一贯作风，安装了适合攻击有一定防护能力的大中型舰艇的500 千克聚能爆破型战斗部(不同于反坦克导弹的聚能装药，聚能爆破型战斗部前部有一半球形金属聚能罩，炸药起爆后因受到聚能罩限制，爆炸威力被束缚向目标方向，从而达到增强威力的作用)，其引信系统包括两套电引信和一套机械引信，三套引信均为触发式引信，且都有三级安全保险装置，从而保证了导弹的安全性和作战效能。据测算，只需要一到二枚鹰击6号导弹，就能将一艘6000 吨级的大型水面舰艇送入海底。
鹰击6号上技术进步最大的当属其导航/末制导系统，其末制导雷达采用了新型的单脉冲体制末制导雷达，而不是上游1号和海鹰导弹初期的圆锥扫描雷达(圆锥扫描体制大致可以描述为以一束与天线中轴线成很小角度、宽度只有1~2度的笔形波束围绕天线中轴旋转来确定目标空间位置，扫描范围类似一个圆锥的目标扫描方式。这种扫描方式最早是纳粹德国应用于"维茨堡"高射炮火控雷达跟踪，优点是结构相对简单，缺点是无法对抗角度欺骗干扰，因此，逐渐被单脉冲体制制导系统所代替)事实上，我国在70年代初，就成功地研制出了弹用单脉冲末导雷达，并开始改装在海鹰导弹进行试验。但是在研制鹰击6导弹时，这些单脉冲雷达并都还没有完全成熟，不过由于这些雷达的研制进展相当顺利，因此还是作为现成产品入选。但由于文革多年荒废基础研究，缺乏预研储备，很多哪怕是细小的问题都得从头试验，研制进展很慢。从1977 年到 1979 年才研制了9套DM1A单脉冲末导雷达进行试验，1981 年改进了抗干扰电路后命名为DM1C，经过 1982 年的几次试验后，整机终于定型。并最终成为鹰击-6号导弹的末制导雷达系统，这也是我国第一种实用化的单脉冲体制末制导雷达。
鹰击6导弹上采用了小型逻辑部件构成的数字化指令机构，这种机构比之我国早期反舰导弹使用的电子管模拟机构，其稳定性和可靠性大大提高，机构体积也减小很多。这也是大陆最早的具有程序指令和逻辑判断式的射程控制指令功能的弹上机构设备。
鹰击6导弹的弹载控制系统还包括一套773 多普勒雷达，但其作用主要是测速而非探测目标。这是由于高空投放已经具有初始状态，各种气流对导弹航向、姿态和高度随机影响非常复杂。空舰导弹速度慢，飞行时间相对较长，这些因素使导弹在进入自控段后，侧向纵向都会出现很大的散布，严重影响弹上末导雷达捕捉目标。而使用773 型多普勒雷达之后，弹载控制系统就能精确获得飞行地速，大幅度提高了导弹命中精度，对于飞行高度的测量也同样采用了精确的无线电高度表取代原有的气压膜盒式高度表，这种高度表精度高，能够控制导弹超低空飞行。
