她万万没有想到，就是这份公开的大字报和没有公开的意见书，竟遭致了日后的杀身之祸。
1967年1月26日，南京的造反派响应毛主席的号召，夺取了江苏省和南京市的党政大权。日后，迅速分成了“1·26夺权好得很”和“1·26夺权好个屁”的“好派”和“屁派”，打起了从“文攻”到“武卫”的内战。而一些奉命支持左派的军队干部，也沾染上了造反派的派性，或明或暗地支持一派。身为好派“红色造反队”勤务组成员的李香芝，也参与了反对“屁派”及其支持者的一些宣传活动。她不久因为心灰意懒，又生了肝病，就退出了“红色造反队”的勤务组。但还是种下了开始被囚被斗的祸根。
1968年，江苏省成立革命委员会以后，就在两派实行大联合的旗号下，开始了有组织、有领导地迫害广大干部群众的残酷斗争。
第一个迫害广大干部群众的浪潮是“清队”，即所谓的“清理阶级队伍”。这时，各个机关团体，都办起了非法拘留干部群众的“牛棚”。李香芝也被有军代表支持的造反派，从医院里揪出来关押到南京农学院专设的“牛棚”里审查。并且借口她曾在地主伯父家生活了几年，诬称她是地主分子;借口她转党手续不全，诬称她是个假党员;借口她在“文革”初期参加了一些派性活动，说她犯有“反党乱军”的罪行。此外，还揭发她在南京歌舞团“用牛奶洗脸”、“吃包子不吃皮”，说她追求资产阶级的生活方式。而最了解事实真相的王震方所写的材料说：“据我所知，用牛奶洗脸有过一次，因为奶没有吃完，剩了一点擦了一下脸;有一次包子掉在地上怕脏，把皮剥掉了。把这些事说成一贯的，经常的，显然是有人为的夸张。”
清理阶级队伍的重点是清查政治历史问题，抓“历史反革命”。李香芝17岁参加革命，历史清白，给她加上“地主分子”、“假党员”的帽子实在站不住脚。在经过半年多的关押批斗之后，省文工团(即原来的省歌舞团)革委会和工宣队，不得不于1970年5月20日发文宣布：“对李香芝同志是否是地主分子及假党员问题，均可取消怀疑”，“可以取消隔离”。同时，还在另一份审查报告中，说她“在‘文化大革命’中犯了严重错误，民愤极大”。
