红军到达陕北后，邱会作任苏维埃中央政府西北办事处粮食部供应局长，为东征做准备。抗战爆发后，他先后担任中央军委供给部副部长、部长。这是一段艰苦的岁月，大军云集在土地贫瘠的陕北，吃饭和穿衣成为迫在眉睫的两大难题。邱会作及后勤同事们想方设法多方经营，也只能让大家吃个半饱，最后靠两种解决方法并行：军队开展生产，从延安分流更多人去各根据地。邱会作本人也被派往胶东，后改为豫皖苏新四军根据地。他于1943年受令回延安培训，在安徽到延安的路上跋涉了13个月，导致错过了延安整风。
抗战结束后，邱会作被派往热河，随后转战东北，任八纵政委，军队改番号后任第四野战军45军政委。之后的履历便是辽西会战、平津会战、衡宝战役。
从高处跌落
邱会作没有参加朝鲜战争，而朝鲜战争对于中共军队的现代化水平提升是一次重要学习机会。尤其是后勤工作，这是解放军首次走出国门作战，无法有效依仗就地征收和民工运输的两大法宝。邱会作在1954年重返后勤战线，从广州调往北京。
在全军现代化建设的草创阶段，邱会作面临的困难很多。国家经济实力的虚弱，使得主管物资分配的总后因为手头匮乏而很难处理好各部队提出的要求，挨骂成为常事。同时，很多功勋卓着的战将们以内战时期的经验，认定后勤不过是管柴米油盐的，只有看病需要点技术。因此，很多退居下来的人被塞入总后任闲职。邱会作一方面要在一片空领域里规划建设框架，一方面要处理好复杂的人际关系，凭这点来看，他是一个非常精细能干的人，因为任何改革都是触动特定群体利益的事。
医疗卫生、财务制度、军服、物资供应、总后机构……邱会作做了一系列的修改调整，还有完成选择后方基地、战马生产等任务。三年饥荒时期，邱会作配合国务院的工作，调拨军队储备粮救济各省。他还秘密造访地方视察灾情，留下了生动的记录。在广西横县，县委书记已经躺在床上起不来，只会流泪示意，直到吃了邱会作一行带来的粮食后，方才能坐起来交谈。
困难形势下，全军只好开展生产救荒，并取得了效果，但邱会作也受到不少指责，如与民争利、破坏资源、生活改善会影响训练、出生产事故等等。熬过困难期后，又开始大力建设国防，到了1962年，则是全面备战。邱会作的最大任务是要准备300万军队作战一年所需的物资，他耗时6年完成。
此后，波及党政军高层的政治运动一波波卷来。先是罗瑞卿被打倒了，紧接着是“文革”爆发，邱会作被总后的造反派“红纵”揪斗一番，后得到林彪和周恩来的保护而脱险。随着林彪地位的升高，邱会作作为亲信自然步步高升，他在1967年成为中央军委办事组成员，直至林彪事件。
林彪集团和“四人帮”一起公审时，邱会作的罪名是跟随林彪从事反革命活动并迫害他人。邱会作不承认这些，他始终认为自己是无辜的，林彪是清白的。这样的理念一直伴随他度完余生。当他下葬到故乡兴国县后，一块石牌上刻着周恩来在1967年3月30日《在总后干部大会上的讲话》，周恩来称赞他是“称职的后勤部长和坚定的老红军”。
2002年8月5日，邱会作的追悼会在北京八宝山低调举行，官方没有以“同志”称呼。历尽荣辱盛衰，一代风云人物就此化作历史。
