1935年5月下旬，为接应渡过金沙江的中央红军北上，何畏临危受命，任懋功支队司令员兼政委，亲率25师、27师各一部，沿岷江流域星夜兼程，攻占懋功，前锋推进至懋功东南的达维镇。6月12日，何畏红九军下属的25师和27师在夹金山下的达维镇迎接到了翻越夹金山的中央红军，实现了红军两支主力军团胜利会师。这次历史性会师，史称“懋功会师”。
长征途中，何畏兼任中华苏维埃西北革命军事委员会中国工农红军大学政治委员，中共中央候补委员，中国工农红军大学、中国工农红军第四方面军红军大学政治委员。到达延安后，任抗日大学副校长。
1935年2月15日云南《民国日报》刊发了《蒋介石悬赏红军将领的赏格》：
(一)毛泽东、朱德、徐向前等，生擒者各奖十万元，献首级者各奖八万元。
(二)林彪、彭德怀、董振堂、罗炳辉等，生擒者各奖八万元，献首级者各奖五万元。
(三)周恩来、张国焘、项英、王稼祥、陈昌浩等，生擒者各奖五万元，献首级者各奖三万元。
(四)王宏坤、王树声、何畏、孙玉清、余天云、王维舟、刘伯承、叶剑英、倪志亮暨伪中央政委、伪军团政委、伪军长等匪首，生擒者各奖三万元，献首级者各奖二万元。
长征途中，懋功会师后，1935年8月7日，红四方面军政委陈昌浩派人请到总书记张闻天，试图说服他接受张国焘的主张，要他拿出总书记的权威来，让毛泽东、周恩来等人挥师南下。红九军军长、独臂将军何畏尤为暴烈，他拍着桌子吼道：“你像个什么总书记，我看你简直像个汉献帝。曹操手中的傀儡!”
