东汉王朝对高句丽的管理从史籍的记载看仍是由玄菟郡和辽东郡负责。据《后汉书》、《三国志》、《资治通鉴》等史籍的记载，建光元年(121年)，高句丽王宫死，其子遂成为高句丽王，玄菟郡太守姚光上书建议趁高句丽有丧事和王位更迭之机发兵高句丽，但因尚书陈忠反对而未能实施。另据《后汉书·东夷列传，高句丽传》载：延光元年(122年)。“遂成还汉生口，诣玄菟降。诏曰：'遂成等桀逆无状，当斩断菹醢(菹醢[zūhǎi]古代酷刑。把人剁成肉酱--FS7000。com注)，以示百姓，幸会赦令，乞罪请降。鲜卑、秽貊连年寇抄，驱略小民，动以千数，而才送数十百人，非向化之心也，自今以后，不与县官战斗而自以亲附送生口者，皆与赎直，缣人四十匹，小口半之'遂成死，子伯固立。其后秽貊率服，东垂少事。顺帝阳嘉元年，置屯田六部。……建宁二年，玄菟太守耿临讨之，斩首数百级，伯固降服，乞属玄菟云。”由上述记载，可以看出玄菟郡仍然是东汉王朝管理高句丽的机构。
总之，高句丽出现于西汉王朝末期，由于其势力还十分弱小，无法和西汉王朝相抗衡，也并没有引起西汉王朝的重视，所以西汉王朝将其纳人高句丽县的管辖之下。在王莽新朝后期，尤其是到了东汉王朝时期以后，随着高句丽势力的增强，以及在臣服东汉王朝的同时又不断侵扰边郡，高句丽开始引起东汉王朝的重视，在由边郡管理高句丽的同时也设立了屯田六部以防备高句丽。
东汉王朝后期，由于中原大地政权分立，中央王朝对边疆少数民族的控制有所放松，高句丽的势力也有了一定程度的增强，但随着曹魏王朝的建立，高句丽也很快和曹魏王朝建立起了臣属关系。
