在明知叛乱形势已成的情况下，为了做到有理有利有节，西藏工委和西藏军区仍以西藏的大局为重，连续派人和噶厦、藏军接触，劝告他们遵守十七条协议，说服藏军不要叛乱。但西藏地方政府上层分裂分子置若罔闻，一意孤行，指挥藏军步步进逼，疯狂地向西藏军区、西藏工委等机关驻地冲击。无奈，西藏工委和西藏军区一方面调动部队加强防卫，一方面紧急报告中央。
3月11日，正在武昌视察的毛泽东接到报告后致电党中央，对西藏上层反动集团发动武装叛乱给了精辟分析。毛泽东指出：“照此形势发展下去，西藏问题有被迫早日解决的可能。”还指出：“这种‘被迫’是好的。看来，达赖是和其他人同谋的，达赖是反动派的首领。达赖反革命集团的策略是：(一)以罗布林卡为据点，在拉萨搞暴乱，将人民解放军驱走。这种策略是会被他们首先想到的。他们从我们长期‘示弱’，只守不攻这一点，看出‘汉人胆怯’，‘中央无能’。他们想，汉人被轰走是‘可能的’。(二)这一批人实际上已与中央决裂，很大可能将不得不继续干下去。一种可能是继续在拉萨示威骚扰，以期把汉人吓走，在若干天或若干个月之后，他们看见汉人吓不走，就会向印度逃走，或者，向山南建立根据地，两者的可能性都有。”毛泽东还分析了印度尼赫鲁政府对西藏问题的插手，认为“达赖搞驱汉自立，是与印度通了气的。”
毛泽东指示西藏工委：“目前策略，应是军事上采守势，政治上采攻势。目的是：分化上层，争取尽可能多的人站在我们一边，包括一部分活佛、喇嘛在内，使他们两派决裂;教育下层，准备群众条件;引诱敌人进攻，准备在拉萨大打一仗。”
同一天，中共中央电复西藏工委并四川、甘肃、青海、云南4省省委和军区，就西藏上层公开暴露叛国面貌之后应采取的措施作出指示：中央认为，“西藏上层公开暴露叛国反动面貌，是很好的事。我们的方针应该是让他们更加嚣张，更加暴露，我们平乱的理由就更为充分。”
对如何应对叛乱分子的叛乱活动，中央提出了五条措施。一是在人民群众中传布，着重揭露他们劫持达赖进行叛国的阴谋。二明确告诉一切靠近我们的人，西藏永远是中国的领土，如果反动派叛国，中央将采取坚决的行动予以平定。三是对达赖本人仍多方做争取工作。四是对拉萨四周的反动武装进入市区不要阻挡，如果阻挡则在形式上是我们先打，这样在政治上不利。五是注意收集对方的叛国证据。
12日，西藏工委和西藏军区接到中央的电报和中央转发的毛泽东的电报后，立即作出了军事部署，命令各部队迅速做好战斗准备，坚决平息叛乱。部队接到命令后，一面抵抗冲击的叛匪，一面做出击的准备。
与此同时，中央军委也紧急拟定入藏部队行动方案，并于13日和20日先后向兰州、西藏、成都、北京军区下达了行动命令，明确了关系。其内容是：以陆军54军军长丁盛组织指挥所(简称丁指)，率该军步兵第一三四师、兰州独立野战第十一师从青藏线入藏，进入拉萨地区，丁指归西藏军区指挥;命在北京开会的西藏军区司令员张国华立即乘飞机赶到格尔木，指挥丁指的一三四师、十一师沿藏北张开网口合围拉萨;命成都军区副司令员黄新廷组织指挥所(简称黄指)，率一三○师及步兵一六二团沿川藏公路向昌都开进，并指挥昌都警备区部队，担负昌都地区平叛，对拉萨形成合围，黄指归成都军区指挥;命昆明军区步兵第四十二师指挥所率步兵一二六团，从藏东南进至盐进地区，归黄指指挥，截断叛乱武装东南出境之路，对拉萨形成大合围之势;命空军及总后勤部有关部门作好空中支援和物资保障工作。
