双方还就成立两党关系委员会问题达成了协议，中共方面由王明、周恩来、博古、叶剑英参加，国民党方面由陈立夫、康泽、刘健群、张冲参加。蒋介石朝墙上的挂钟斜睨了一眼，合上文件夹说：“今后两党关系，由陈立夫等与中共代表团共商一切。”
23日，中共代表团与长江局召开联席会议，决定中共代表团与长江局合为一个组织，对外称为中共代表团，对内称长江局——周恩来作为长江局副书记和中共代表团负责人主要负责统一战线和军事工作。
1938年初，国民政府改组军事委员会，下设军令、军政、军训、政治4个部。蒋介石任命陈诚任政治部部长，并要陈诚出面邀请有政治工作经验的周恩来任政治部副部长。
陈诚满怀热情地登门邀请，周恩来笑了笑，婉言：“蒋先生能有此姿态，我们党当然欢迎。不过去政府里任这样一个职务恐不合适。”
博古是个直性子，脾气也躁，开口说：“叫我们党的一个副主席去任你们一个部的部长，对了，还是个副的，你这不是开玩笑吗?”陈诚陪笑道：“此事不在职务高低，主要是向外界显示一下我们两党合作的诚意。”
对蒋介石和国民党方面表面上的合作态度，周恩来与中共代表团认为应该采取赞助的立场，与国民党开诚合作，以求达到有利于争取坚决抗战的分子和削弱亲日派的力量。但是，由于中共中央在去年9月25日发布的关于共产党参加政权问题的决定草案中已经做了规定，中共党员一般不参加政府工作。因此，中共代表团暂时只能采取推托的态度。
周恩来把陈诚送上汽车时，请他转告蒋介石：“委员长的好意我们心领了，但具体任职当前还是免了。有关抗战之事，该我们办的，没有职务也一样办。”
不久，行政院院长孔祥熙也表示要周恩来到行政院任职，并由行政院副院长张群出面相邀。周恩来同样坚辞不就。到了1月中旬，蒋介石又派人来催请周恩来走马上任政治部副部长。
面对新的情况，中共代表团立刻召开会议进行研究，详细分析了到达武汉后国共两党谈判出现的新的进展，认为应该采取灵活的策略：“对孔祥熙的邀请应该谢绝，毕竟属于行政范围，孔祥熙又为主和者。而军事委员会及其各部同坚持抗战和挽救危局有直接关系，参加进去可以从内部直接推动国民党抗战。”
意见统一后，中共代表团立即给中共中央书记处发去电报，报告了这些情况，并且陈述了自己的意见，希望中央对这个问题重新考虑。电报中指出：“如果屡推不干，蒋、陈会说我党无意相助，使反对合作者的意见得到加强。参加进去可以扩大我们党的影响，推动军队政治工作的改造。”电报还强调：“要有条件地参加进去。”
中央回电同意。3月6日，周恩来正式出任国民政府军事委员会政治部副部长。
