1999年的两会的政协会议上，政协委员蔡自兴提交了一份《及早废止少年班》的书面报告，这让已经沉寂多年，几乎淡出大众视线的少年班再次被推到了舆论的风口浪尖。在鼎盛时期，全国有13所高校开创了少年班，到了蔡自兴委员提交政协提案的时候，全国的少年班只剩下了5个。
和另外一个消息相比，废止少年班的提案还不算是爆炸性的消息，2003年，宁铂出家为僧，才真正引起了人们的震动。宁铂是第一批少年班的成员之一，他的举荐信被副总理方毅转给当时的中科院下属中国科技大学，并做了批示。如属实，应破格收入大学学习。正是这封举荐新信和方毅的批示促成了中科大少年班的诞生。
1984年邓小平在接见丁肇中的时候谈起了前3届少年班学生的优异表现，其中70%读了研究生，还有人16岁就获得了博士学位。丁肇中这位诺贝尔物理奖得主回答说，这在国外是少见的。
这一年下半年，“破格提拔”的面积扩大了，从中国科技大学一所高校扩展到了13所高校。北大、清华、华中工学院，吉林大学等纷纷加入了培养少年天才的行列，与之相配套，全国省级重点中学开始为少年班树丛优秀学生。当时比较突出的有北京八中、人大附中、天津耀华中学、沈阳育才中学、无锡天一中学等等。
后来逐级向下，触礁甚至伸展到了小学，一时间挂着红领巾的小学生跟中学生一起竞赛，个子短小的中学生跟大学生进同一个课堂成为美谈，舆论异口同声，社会积极相应，恨不得家家出个神童。
从白专道路到读书无用，中国走了多年的弯路，在这个历史背景之下，旨在“早出人才，快出人才”的少年班的出现，确实对唤醒整个社会的人才意识，重新唤回人们对知识和科学的尊重，起了很大的作用。
不过，少年班本身的象征意义实际上是胜过了实际的功用。尽管根据科大公布的数据显示，少年班的成才率达到了85%，但是证明，这个人才培育经验是不可复制的，特别是当时所谓的“不拘一格降人才”，跟当年的“大干快上”、“放卫星”、“三年赶英超美”，乃至于“跑步进入共产主义”都有了相似之处，违背了科学精神。
2001年，上海交通大学少年班停止招生，校方表示，学校的院系在培养少年班的学生方面化费精力很大，收效却甚微，在超前教育，应试教育的“催生”下，少年班生源质量下降，学生综合能力不强致使少年班日渐衰落成了一种必然。
