该机良好的多用途能力，使之适用于执行空战、对地攻击和侦察多种任务，并能在执行某种任务的过程中更改任务模式。这对于提高部队的快速反应能力是十分有利的。机上装有空对空战术信息数据传输系统，它能在飞机间以及飞机与海基、地基的探测装置间进行实时的信息传输。瑞典有关人士指出，该系统对提高机队的作战能力和快速反应能力有重要作用。机上装有一套任务计划系统，可由飞机探测系统收集到的信息自动对数据库进行修正，还可通过利用与其他飞机相连的数据链来提高其效能。飞机的信息收集能力利于缩短任务周期时间，以提高飞机出动架次数。
JAS-39在研制改进中十分重视提高该机的再次出动率。由一个包括一名机械师和五名机械员组成的维护保养小组进行维护，JAS-39执行空战任务的再次出动时间缩短为10分钟，执行对地攻击任务的再次出动时间缩短为20分钟。在研制中充分考虑了瑞典空军在战时的疏散使用原则，能在数量众多的公路跑道上起降。下图为JAS-39在狭窄的乡间公路上机动。
瑞典有关人士称，军方计划对将于2003～2007年交付的第三批JAS-39飞机进行较大范围的改进，其中包括加装GPS系统、数字化任务记录系统，降低了飞机信号特征，提高飞机挂载能力。这将涉及飞机的结构改变，起飞重量和着陆重量的增大。新型内装式电子战干扰系统正在研制中，它既可用于第三批飞机，也可装在早期的型号中。另一项重大改进是，座舱内将装3台6.2×8.3英寸的大型彩色多功能显示器，使总显示面积达到967平方厘米(150平方英寸)左右，这在战斗机中是少见的。目前，用于JAS-39的头盔瞄准具也在研制之中。2003年6月，萨伯公司和英国宇航公司已经签订了“鹰狮”综合头盔显示器（IHMD）系统的协议。该协议规定2007年将把整合完毕的IHMD交付南非空军，新头盔能够使驾驶员使用头盔显示器观察、锁定和攻击目标。该头盔是英国宇航公司为欧洲战斗机“台风”研制的“攻击者”（Striker）头盔的改进型号，重新命名为“眼镜蛇”（Cobra）。IHMD目前列为“鹰狮”出口型的供选设备，南非是订购该系统的第一个顾客。
第三批JAS-39的改进包括：采用新型信号数据处理计算机和全权限数字式发动机控制系统。上述改进中还将为JAS-39选择更新型的作战武器，如下图中的FMRAAM先进中距空空导弹。FMRAAM是美国AIM-120先进中距空空导弹的改进型，采用冲压发动机，射程和电子设备能力有较大提高。
