角色上 部分秘书“官、职”不分，并分享决策权
关于秘书的定位，《关于加强县以上领导机关秘书工作人员管理的规定》称：秘书工作人员是领导同志的工作助手，秘书工作是党政机关工作的重要组成部分。
然而山东曲阜市取消市级领导专职秘书的理由是：秘书可能会出现打着领导旗号办私事的问题;避免秘书长期跟领导干部，将来可能受到“特殊关照”。
曲阜市的这些担心不无道理。有媒体梳理近20年落马的高官秘书发现，秘书涉腐较为常见。分析称，从不少国家官吏制度的演变来看，秘书角色由官员逐渐向职员衍变。但是，我国有些地方秘书角色仍然是官、职不分，而秘书多是分享和递延了领导干部的权力，秘书和领导干部职责发生错位。部分秘书已成为各级公共权力的实际运作者，他们无形中获得了两种“隐性权力”：一是由领导干部演化而来的决策权的延伸;二是由于秘书处于核心权力与实施对象之间的“关节”上，由此派生出的权力。
如“河北第一秘”李真就能够分享时任河北省委书记程维高的决策权，而王宝森的秘书闫振利，曾以私人名义从北京市海淀区财政局拿走20万元的支票，说“到时候由市财政局还”。
关系上 部分秘书是领导“身边人”，监督相对乏力
在被查处的秘书涉及贪腐案件中，安徽淮南市原市委书记陈世礼的秘书王传东多次安排他人与陈世礼见面，为他人在提供便利，王传东自己从中获得好处，先后七次非法收受人民币46.8万元、美元0.2万元、购物卡2.4万元。2008年，陈世礼、王传东案受审。
早在2005年，安徽就出台规定，取消省辖市县领导专职秘书，并对领导干部身边工作人员提出17项“不准”，其中包括：
领导干部身边工作人员不准有同中央和省委不一致的言行;不准泄露党和国家的机密，不准泄露、传播组织尚未公开的信息;不准以自己的特殊工作条件或借领导机关、领导干部的名义为自己和亲友办私事、谋私利;不准插手人事问题，为跑官要官者提供方便或为自己要官;不准插手任何形式的经营活动;不准接受任何单位或个人的礼金、有价证券、贵重物品;不准擅自代替领导干部答复处理问题、批示文件;不准故意向领导干部提供假情况、假数据，或隐瞒事实真相;不准授意基层人员为领导干部安排违反规定的接待活动;不准为领导干部及领导干部的配偶、子女、亲友谋取不正当利益;不准代替领导干部收受礼金、有价证券和贵重物品等。违反规定的工作人员，一律调离现工作岗位。
有专家认为，秘书是领导干部的“身边人”，社会上一些有求于领导干部的人，总是从秘书那里打开缺口。由于秘书不像领导干部那样拥有规定的权力，也就不像领导干部那样受到多方面的监督制约。
李真落马后曾说：“我做秘书时，虽说有人管，但没人监督。”
