1995年，“国债327事件”发生，随后交易所高管开始发生变化。尉文渊请辞，理事会任命上海市政府证券管理办公室主任杨祥海担任上交所总经理;深交所同年免除夏斌职务。
1996年10月，证监会任命庄心一为深交所总经理，张育军、黄铁军为副总经理。
1997年，证监会任命桂敏杰、屠光绍为深交所、上交所总经理。
同年8月，两个交易所管辖权移交至中国证监会。
差异化竞争分道扬镳
借鉴美国纳斯达克经验，1999年8月， 中共中央、国务院出台《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》称，要培育有利于高新技术产业发展的资本市场，逐步建立风险投资机制，适当时候在现有的上海、深圳证券交易所[微博]专门设立高新技术企业板块。
2000年5月，国务院讨论中国证监会关于设立二板的请示，原则同意中国证监会意见，将二板市场定名为创业板市场。
上海一名券商人士称，上海并不想要创业板，上交所一心谋划国际板，所以创业板被放到了深圳。
据悉，当年外国公司到中国上市意愿强烈，如可口可乐、汇丰银行等，上交所亦希望通过开设国际板，来展现“国际金融中心”的地位。
然而，李冬分析认为，是顶层设计，“由上海来搞主板，深圳搞创业板，以此差异化发展”。
为了受命筹备创业板，9月15日，中联重科(5.00, -0.03, -0.60%)在深交所网上发行后，深交所停止在主板市场新股发行。
“当时以为半年就能开张，没想到遇上美国纳斯达克股票暴跌，当时香港也刚推出创业板，一出来就受到网络泡沫寒流的冲击，所以内地监管层要求等市场好转，再精心筹备，一拖就拖了四年。”武汉科技大学金融证券研究所所长董登新解释。
