其一，台湾怕和大陆联合保钓得罪了美国。美国被视为台湾生存的基石。台湾当局不惜每年用数十亿美元的军购向美国缴纳变相的“保护费”，去不断求证和更新美国对自己的保护令。这笔钱花不出去或者美国接的不爽快，台湾都会惶惶不可终日。在钓鱼岛问题上，台湾自然要很谨慎地行事。公开联合大陆当局，是台湾永远不敢触及的红线。这会彻底激怒美国。马英九自然不敢越雷池一步。
其二，台湾和日本在情感和利益上联系紧密，台湾不会因为钓鱼岛问题真正和日本翻脸。在保钓上，因为国民党以及马英九自己的立场，也许会在主权上不让步，也会在合适的时机通过民间等方式，来表达自己的诉求。但和日本的冲突无论如何都在一个不会翻脸的框架之内。台湾方面尽管不能主动在保钓中，有大的动作，但很乐意利用大陆给日本制造的麻烦，来跟日本讨价还价。
其三，马英九及国民党外省人及外来政权原罪的阴影犹在，台湾族群分裂和蓝绿恶斗的政治生态，不可能支持台湾当局和大陆联手保钓。以民进党为代表的台独在钓鱼岛立场上一直都十分暧昧和反复。而最近民进党党主席苏贞昌在日本访问时对日本卑躬屈膝、自失立场、自我矮化到了极点。指望台湾有一个统一的声音联合大陆保钓，实在是种妄想。对主权毫不不吝惜的民进党在抹红国民党和马英九方面却不遗余力、高招很多。这是马政府忌惮的内部因素。
