对于美国的文化及情报精英来说，1963年秋天，这个国家所面临的真实威胁是军队的右翼主义者。麦卡锡在全国清洗共产党员和疑似共产党员的人，搞得民众人心惶惶;反过来说，正在全球展开革命的赤色力量更像是一种保守派执意要消除的偏执的幻想。在这个情况下，奥斯瓦尔德并不是一个合理的杀手—尽管人们并不清楚当时美国军队右翼力量是不是像他们所表现出来的那样敌视肯尼迪，但至少比共产主义对肯尼迪的敌视大多了。美国历史学家威廉·曼彻斯特在其报告《总统之死》中透露，在奥斯瓦尔德被捕之后，杰奎琳·肯尼迪的第一反应是“他不像是刺客”。她的丈夫“甚至不是为民权斗争而死，”她说，“结果他却死在一个微不足道的共产主义者手里。”
阴谋论的种子落在了肥沃的土地上，衍生出了数种理论。
官方的说法，是奥斯瓦尔德独自行动，他用一杆枪杀害了总统，而这纯属个人行为，背后没有任何势力，也没有任何主张。这是沃伦委员会在进行了详细调查后得出来的结论，虽然许多人并不相信。
更为流行的是官方说法的加强版本。在这个版本里，凶手依然是奥斯瓦尔德，但他背后的靠山却是古巴政府。人们发现，奥斯瓦尔德在刺杀发生之前不久曾经去过墨西哥城，所以阴谋论者推定他曾在那里与卡斯特罗手下官员有过交涉，这才导致了这场刺杀—或许他是想打动卡斯特罗好向他投诚。相信该理论的人还认为，中央情报局、联邦调查局和其他的华盛顿机构掩盖了证据，以隐瞒他们在谋杀前未尽职责的证据。
也有人说，是黑手党杀了总统。肯尼迪在生前致力于打击美国黑手党，而教父卡洛斯·马切罗和桑托·特拉菲坎特则决心除掉他，然后嫁祸给奥斯瓦尔德和所谓的古巴势力。继任总统林登·约翰逊和现任国务卿克里都相信这个理论。历史学家瓦尔德隆表示，马切罗曾在1985年对联邦调查局坦白过此事，但当局却压下了这个秘密。他的著作《刺杀肯尼迪之长影》已被改编为电影，由莱昂纳多·迪卡普里奥主演，将在明年播出。“我们希望这个影片能够让大家注意到一个事实：当年的数百份政府文件从未被公开。”
还有人认为是中央情报局干掉了总统。为了阻止肯尼迪从越南战争里抽身，也为了避免他跟苏联及古巴和解，当时的局长理查德·赫尔姆斯及其反间谍方面的首席幕僚詹姆斯·耶稣·安格尔顿雇佣了黑手党杀手刺杀了总统。
总统身亡的受益者、当时的副总统林登·约翰逊当然也是被怀疑的对象。相信这个理论的人言之凿凿，称肯尼迪本来计划在1964年竞选时放弃约翰逊，让他成为腐败调查的焦点，于是这位副总统就组织了一场精心的阴谋，将黑手党、中央情报局、白宫和古巴流亡社区组织在一起刺杀了总统。
不同世界的相交点
之所以产生如此多的阴谋论，并不是情报不足，而是情报过剩。奥斯瓦尔德被捕之后，关于他的一切都被放大了。比如说，他乘坐巴士去墨西哥城时的邻座是个诈骗专家，而且还曾经秘密资助过希特勒的行动，但问题是，那个名叫奥尔波特·奥斯本的人跟奥斯瓦尔德并不相识。奥斯瓦尔德的人生提醒我们，在现代社会里，由于人们总是不停地在流动，所以即使在最陌生的人之间，都可能有两种或三种联系。
奥斯瓦尔德的故事如此，他自己遇刺的案件也如此。在阴谋论里，鲁比是一个黑手党杀手，要在奥斯瓦尔德接受审判之前杀他灭口。事实上，鲁比确实在此次刺杀之前联系过一个跟黑手党有往来的人，不过那是为了给美国各种艺术家协会(AmericanGuildofVarietyArtists)施压，让他们制定规则不准起用不领酬劳的脱衣女郎。(他认为竞争对手使用业余脱衣舞女违反了公平竞争原则，损害了他这样的专业夜总会的利益)
