在这一切发生的同时，达拉斯警方追踪线索追到了奥斯瓦尔德。奥斯瓦尔德是一个24岁的年轻人，性子有些古怪，十几岁时崇尚马克思主义，并且十分喜爱阅读邦德系列的小说。他从海军陆战队里叛逃出来之后去了苏联，不过在那里过得并不愉快，两年多之后又回到了美国。他在一家电影院里被捕，警方最初指控他从迪利广场逃走时杀了达拉斯警察J。D。提皮特，稍后，他们又将刺杀总统的罪名冠在了他头上。但奥斯瓦尔德坚称自己并未杀死总统，“我没有开枪杀害任何人，”他对警察说，“你们是要陷害我!”
审讯过程极为含糊。以当时任达拉斯警长的杰西·克里所言，“简直就是违背所有审讯规则的”。克里表示，一般来讲，一个讯问者在审问一个嫌疑犯时会和他单独地呆在一个房间里，最多还有一个人陪同;但当时，审讯奥斯瓦尔德的房间里挤满了各种各样的人—FBI、特勤局探员、联邦侦探，还有达拉斯地方的谋杀科侦探。
不仅如此，那个时代特有的偏执，还让当时的警官做出了我们现在所无法想象的决定：他们在半夜召开新闻发布会，将奥斯瓦尔德公开置于群众和媒体面前。11月24日，在电视直播的镜头里，奥斯瓦尔德在从一个牢房转到另一个牢房的时候，被夜总会老板杰克·鲁比当场杀死。
肯尼迪总统的葬礼在三天之后进行，但在此之前，怀疑的种子已在人们心中种下，阴谋论也由此蔓延开来。为什么明明知道达拉斯不安全，总统还要乘坐一辆没有遮挡的汽车?为什么要选择这样的一个行进路线，让车队在教科书仓库大楼前放慢速度?为什么希尔一开始不在总统的轿车上?为什么在医院找到的子弹威力明显不足，但官方却说它穿过了肯尼迪的喉咙还伤到了康纳利?为什么特勤局要急着清洗轿车?为什么尸检不在达拉斯进行?为什么约翰逊非得坚持让莎拉·休斯做他的宣誓主持人?为什么奥斯瓦尔德说他是替罪羊?为什么鲁比要在奥斯瓦尔德有机会走上审判席之前杀死他?
要理解这些疑问和阴谋论背后的含义，不得不提到的是肯尼迪所处在的时代和他本人的作风，不夸张地说，这场刺杀改变了美国。传统的观点认为，乐观自由主义跟着肯尼迪一起死在了达拉斯;而《纽约太阳报》副总裁埃拉·斯托尔则在其新书《肯尼迪：保守主义者》里提出不同观点，称如果肯尼迪没有死于那场刺杀的话，真正的保守主义将取得更大的进展。
诚然，每一个美国总统在某种程度上都是保守主义者;但肯尼迪本人却是一个典型的冷战时代自由主义者：他相信能用非暴力的方式对抗共产主义，并且创建一个社会福利体系，来缓解社会情绪。而那个时代真正的保守主义者应该像是约翰·柏奇会那样，相信要用暴力手段对抗共产主义，并且认为民权运动和社会福利都是共产主义理念，应该极力反对。说到底，在肯尼迪之后，真正的保守派总统里根当年就对医保法案大力抵制，如同他的共和党继承人们现在反对奥巴马医改案一样。
