王熙《自撰年谱》中记载，顺治是在初七清晨子刻驾崩的。而据《平圃杂记》所载，张宸是在初八上朝时，才得知顺治驾崩的消息。不仅顺治驾崩时间的记载相差了整整一天，顺治哪一天得病，史料上的记载也有一些自相矛盾的地方。
《清实录》中记载，初二那天，顺治感到身体不适。《平圃杂记》中却说，初二顺治到悯忠寺看太监吴良辅剃度。而据《自撰年谱》记载，王熙初一到初三连续三天进宫请安，但是都没有说顺治生病。而且初三这天，顺治还和王熙讨论事情。
天花发病初期，体温急剧上升，之后便是神思昏沉，不省人事。如果顺治真的染上了天花，那么他就不可能在初二发病初期，冒着高烧到悯忠寺看太监吴良辅剃度。就算是回来之后才发病，第二天，恐怕也很难在就关系重大的事情和王熙谈论。而且让人们感到费解的是，为什么王熙对于讨论的内容，仅仅用了——俱不敢载四个字简单代过。如果说王熙没有什么不可告人的苦衷，为什么他要如此遮遮掩掩，闪烁其词。
究竟是为什么，史料在这么多关键之处的记载，会有如此之多异常明显的出入，这似乎很难用记述者的失误来简单地下结论？会不会是顺治皇帝的死亡另有隐情呢？
2004年4月20号，《厦门晚报》的头条新闻——顺治被郑成功毙于厦门，吸引了无数的目光。而这个惊人的消息就是来自《延平王起义实录》的一段记载：有人密报郑成功，高崎之战中，顺治皇帝在厦门思明港被炮击中，清军将领达素不敢对外公布这个消息。
此外，《延平王起义实录》上还有一段关于太师郑芝龙被害内幕的文字，其中再次提到顺治帝死因：太师郑芝龙降清后，屡次写信劝儿子郑成功投降都以失败告终，但顺治并未将他治罪。顺治被炮毙于厦门后，辅臣苏克萨哈与郑芝龙有仇，向康熙建议：“郑成功可以用炮击死我们的先皇，皇上难道就不能处死他的父亲吗？”康熙采纳了他的意见，即位不久后，郑芝龙就被处死。
