然而之后的记载却将故事引向了出人意料的结局。顺治皇帝剃光了头发要出家了，这个消息激怒了孝庄，她火速叫人把茆溪森的师傅，玉林琇召回京城。玉林琇到北京后，听说弟子茆溪森为顺治剃发，当即叫人架起柴堆，要烧死茆溪森。顺治得知这件事情后，无奈之下只好决定蓄发留俗，不再出家。
从种种史料和迹象推断，顺治患天花而去世，这似乎是最接近真相的答案。但是令人费解的是顺治患病去世，应该属于正常死亡。然而清宫档案为什么对顺治的死因只字未提，讳莫如深，难道顺治死亡的背后还隐藏着什么不可告人的秘密？
顺治死后，朝廷依照他的遗嘱，将他葬在了清东陵。这块风水宝地，是顺治十四岁那年的冬天，顺治在遵化躲避天花时发现并确定下来的。一代天子，竟为天花所迫，不得不离开皇宫，将自己放逐于北方的寒山冻水之间。对于天花，当时的人们几乎是谈之色变。为了不引起朝野的恐慌，清朝正史中有意隐去了顺治死于天花的事实，也是在情理之中。
顺治年间，一个叫张宸的官员在个人笔记中记载，正月初七这一天，朝廷传谕民间不许炒豆，不许点灯，不许倒垃圾。这些禁忌只有在皇帝“出痘”的情况下才会出现，因此，史学专家们更加确信顺治皇帝就是因为天花死去的。
中国社科院明清史研究专家王戎笙10年前曾经发表了一篇关于顺治遗诏的学术论文，从而引发了历史学界对顺治死因的再度关注。《张氏医通》中这样描述天花的症状：痘疮成浆之时精神倦怠，神思昏沉，不省人事，呼之不应，自语呢喃，如邪祟状。从天花的病症推断，顺治临死前根本不可能神志清醒，他也就根本不可能亲自口授遗诏。那么，王熙在《自撰年谱》中所记载的，顺治临死前口授遗诏，开列自己的十四条罪状，甚至在很短的时间内解决谁来继位和辅政大臣两大难题，这些事情又究竟该如何解释呢？
