许多传闻表明，皇太后确认康有为“毒化了”皇帝的思想，挑拨两宫，紊乱朝政，非君谤上，建议皇帝对康有为采取决断措施。
这一系列外在影响，已使光绪帝对康有为有所警觉，此次一经杨锐点破，更促使光绪帝猛醒。光绪帝在与杨锐谈话第二天，即9月16日，依然驻跸颐和园，相信他在与皇太后相处中，肯定会谈到这些问题。
康有为推动新政有功，他的一些活动引起高层反感，也引起光绪帝疑虑，但毕竟此时没有抓住康有为什么把柄。为了平息高层的不安，经两天郑重考虑及协商，光绪帝于9月17日“明降谕旨”：谕。工部主事康有为，前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人与商治法。康有为素日讲求，是以召见一次，令其督办官报，诚以报馆为开民智之本，职任不为不重。现筹有的款，着康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。
这份明诏给康有为留足了面子。可惜的是，这份明诏在不同的读者那里却引起不同的解读。康有为多年后依然以为这份明谕表明政变已发生或即将发生：
明诏敦促我出京，于是国人骇悚，知祸作矣。以向例非大事不明降谕旨，有要事由军机大臣面传谕旨而已。至逗留促行一事，非将帅统分逼挠，无明降谕旨之理，况吾为微官，报亦小事，何值得明发上谕？既严责诧异，便当革职，何得谓欲得通达时务之人与商治法，闻康有为素日讲求，反与奖语耶？又，上召见臣工，无烦自明，乃声明召见一次，亦从来未有之事，故国人皆晓然。
康有为的疑惑是有道理的，这些理由也都成立，但他不知道决策内幕。即便他知道皇太后对他的反感以及光绪帝对他的爱护，他的偏见也促使他不能正视这一反常的“明降谕旨”，不能作出正确的判断。
