会议的主旋律“一是揭发，二是批判，三是检讨”。
在会议过程中，有人提出要刘伯承到会，听取意见。继任军事学院院长廖汉生看到会议批判的气氛越来越浓，调子越来越高，似乎“教条主义”就是刘伯承一个人搞起来的，似乎刘伯承在军事学院不仅有错误，甚至是罪过，这样紧张的气氛对刘帅久病的身体很不利，就悄悄打电话给留在南京主持学院日常工作的张震副院长，向他通报了会议情况，表明他的意见：“请告诉刘帅不要来北京，他身体不好，可以请假，有话可由我们代为转达。”
6月7日上午，邓小平召集彭德怀、林彪、罗荣桓、叶剑英几位元帅开会。彭德怀在会上说：“我们来开会，是为了要解决问题，改进工作，为此就要把矛盾彻底暴露出来，求得正确解决。讲团结，只有把有碍团结的问题全部揭开了，展开批评，才能达到团结。批评的对象是军委和下属各部;因我主持军委日常工作，批评军委，主要就应当是批评我。有人担心大家批评军委，批评我，是否会影响领导威信。我说，威信是建立在真理上的，不是建立在军衔和勋章上面。我也不是老资格，既不是南昌起义的，也不是秋收暴动的，要查党龄、军龄，我都不如人家，我倒是在军阀队伍中干过的，有什么了不起呢?为什么批评不得?老资格更应该受得起批评。”
这次讲话，在“左”的影响下，开始把思想问题上纲为路线问题，从路线斗争高度批判教条主义、形式主义和军阀主义。
6月9日，黄克诚来传达毛泽东的指示，说主席对会议的决心很大，开不好，大家就不要走，并决定会议扩大范围到师。
6月20日，开全体大会，会议正式代表增加到1004 人，还有列席的438人，会场移到中南海怀仁堂。会议前期军事学院已经来了20个人，现在第二批又来了31人，包括部分教授会主任和学员代表，总数达到50多人。就连因病休养的刘伯承也被中央派专人到南京，请他到会。
6月21日，毛泽东向军委扩大会议的全体与会者讲话。他说：“我多年来没有管军事。不管军事，四年于斯矣。朝鲜战争以后，一切推给彭德怀同志。你们批评得对，你们越批评我就越为舒服。你们凡是批评彭德怀同志的，也就是批评我。你们看对不对?我是这样看。要说是军事完全搞坏了，那也不是，也没有一个同志说完全搞坏的，而是同志们大多数都说的八年来基本上搞得好，也有缺点、错误。担责任的是彭德怀同志，但不能完全怪他一个人，还应该要怪我。讲责任，第一是我，第二是彭德怀，第三恐怕是黄老，因为他是秘书长，还有各总部。”毛泽东接着详细讲了我军在历史上和当前存在的教条主义问题。
6月23日，毛泽东召集军委扩大会议主席团成员和各组组长座谈会。毛泽东在会上说，学习苏联的方针是坚定不移的，因为他是第一个社会主义国家。过去学，现在学，将来也还要学，但一定要有选择地学，坚决反对教条主义。并明确提出“打倒奴隶思想，埋葬教条主义。”而后，毛泽东在中南海怀仁堂发表讲话，他说：“现在学校奇怪得很，中国革命战争经验不讲，专门讲'十大打击'，而我们几十个打击也有，却不讲……不知道军事学院、训总到底有多少马克思列宁主义。马列主义本来是行动的指南，而他们当作死条条来啃，马克思、列宁的话，一定批评他们是教条主义。”讲话的末尾，他还对刘伯承的功过作了不适当的评论， “伯承身上的旧军阀习气就完全没有了吗?当着他的面我也要说，我看还是有的。他一到苏区，就和'洋大人'搞在一块儿，军事上完全是本本主义、教条主义那一套。抗战时期，好一点。解放战争初期，特别是进了大别山，也不行。办了军事学院，好为人师，搞起了老本行--教条主义，莫误人子弟哟。”
