对于苏军教材，一般来说，都是采取先拿过来，然后在应用中逐步消化的办法，因而在教学中出现了比如想定作业不符实际，而照搬教材中的理论原则和战术数据;在作业方法上过多地要求数据计算，战斗文书冗长等诸多毛病。
在南京军事学院，学员反映比较强烈、意见比较集中的问题有两个：一个是“六小时一贯制”的课业制度，感到不符合中国人的生活习惯，吃不消;一个是“三堂会审”的考试制度，大考小考没完没了：每门课学完要考，学期考、学年考、毕业考。考的时候学员“如临大敌”，考官有主考，还有陪考、监考，就像是“三堂会审”。毕业考实际上是“国家考试”，由朱德为主席，刘伯承、甘泗淇等为副主席组成的国家考试委员会，和军委各部负责同志任主考官，对毕业学员进行考核验收。考场更是威严。一进考试楼大门，从门厅、楼梯到考试大厅里都铺着大红地毯，长长的台桌后面坐着主考官、陪考官和监考的刘伯承的苏联顾问等10多人。考生人人着装整齐，考题是抽签，有的很难。所以考试的时候，发生过有的人因为太紧张，一下子答不出来，血压升高当场晕倒的事。
刘伯承很重视这些情况，专门到战役系党支部听取意见。他边听边记，回来后与其他领导商量后，做了一些改进。例如，在上午四小时课后加一餐点心，解决“吃不消”的问题。以后又把“六小时一贯制”的课业制度改为八小时学习制，在考试方法上，进一步增加了考查学员理论联系实际能力的内容。还对教材内容、讲授方法也进行了改革，受到学员们的普遍欢迎。
1956年，由于在长期革命战争中身体受到严重摧残，加之6年来创办军事学院的日夜操劳，64岁的刘伯承越发感到精力难支，脑子、眼睛都出现病症。于是，他向中央军委请假治疗，并建议由学院的副院长陈伯钧代理院长，副政委钟期光代理政委。
1956年11月6日，刘伯承赴上海就医。
两封来信引起彭德怀的重视
南京军事学院一开始设了4个系，其中战役系招收的52名学员都是军以上干部(1955年授衔时，学员刘震、李天佑、杨得志、陈锡联、韩先楚等5人被授予上将军衔，张震、秦基伟、廖汉生、温玉成、李作鹏等22人被授予中将军衔，其余人都被授予少将军衔)，多数参加过国内战争和朝鲜战争，具有实战经验。他们之中有些人在学习过战役法之后，认为苏军经验有些是先进的，有些虽然先进但对我军并不适用，还有些其本身就是不先进的，因此必须批判地学习。同时，迫切要求学院做出改革措施。1956年8月25日，一位战役系的学员写信给彭德怀，提出“几年以前，我们在'把苏联的一切先进经验都学到手'的口号下，从教材、教法和许多教育制度方面全盘学苏联，这是完全对的。但是我们感觉在向苏联学习中也产生了教条主义倾向。这主要表现在：教材方面，教学方法方面，对待我们的经验的态度方面以及其他方面”。他建议：“基于以上看法，学院提出的'反对经验主义，防止教条主义'的这一带方针性的口号，似应请领导上加以考虑。”彭德怀对这封信没有作任何批示，但引起他开始对南京军事学院一些问题的重视。
