随着战事发展，两军统一指挥的问题渐渐提到议事日程上。在第一次战役期间，彭德怀屡次报告，因中朝之间缺乏协调——语言不通、地形不熟、朝鲜党政军民撤退堵塞道路等等，“志愿军行军作战受阻”。特别是还多次发生过人民军误击志愿军的事件。如11月4日志愿军第39军在博川东南围攻美第24师时，遭到奉命向顺川挺进的人民军坦克师的误击，致使被围之敌逃脱。在物资供给、交通运输等方面，由于没有统一的协调指挥，也出现了混乱的局面。为此，彭德怀通过北京委托中国使馆人员向金日成提出作战中的协调统一问题，希望人民军总部能够靠近志愿军总部。11月7日彭又请朴面见金日成，反映几个与军事行动有关的问题。但商谈的结果令人失望：金日成坚持只派参谋担任通信联络，交换情报，既不同意两军总部靠近，更不同意采取联合的形式。在此期间，彭德怀请求中央军委转告金日成，人民军第6师尚有六千两百多人，且已同志愿军第125师会合，希望让该师留在当地协同志愿军作战。但金坚持将该师调走了。后人民军第7师五千余人又与125师会合，彭再次提出留下该师，金日成则不予答复。此外，朝方和驻朝苏联军事顾问还反对彭德怀提出的后撤几十公里设伏的第二次战役作战方针，主张志愿军应继续向清川江以南追击敌人。
据说金日成当时还提出过指挥志愿军的想法?
沈志华：金日成出于主权和尊严的考虑，不愿交出对朝鲜军队的指挥权，这一点可以理解。但在刚刚断送了几十万朝鲜军队后，他又要指挥几十万中国军队，这似乎就难以理解了。从目前看到的史料判断，金日成有此幻想，一则是不了解莫斯科的立场，二则是误解了中国人的某些说法。为了避免刺激美国，中国政府对于进入朝鲜的中国军队特别强调其非官方的性质，所以在公开谈到部队指挥权的问题时特别谨慎。10月25日中国军队与联合国军开战的消息传出以后，金日成希望中国同意公布志愿军参战的事实，以鼓舞士气。毛泽东11月7日批示：金日成在演说中可以提到“中国人民志愿部队在朝鲜人民军统一指挥之下配合人民军反抗侵略者”，但不宜多说。周恩来也在答复中特别强调，不是“中国志愿军”，而是“中国人民志愿军”。11月12日，周在电报中再次强调，金日成演讲的措辞一定要改为：“中国人民志愿部队在朝鲜人民军总部指挥之下的参加作战。”然而，这都是一些掩人耳目的说法。实际上，中国并没有考虑过把军队交给朝鲜指挥。相反，毛泽东还特别建议要金日成尽快与彭德怀和高岗直接见面，商谈中朝两军联合作战的事宜。会谈要解决的核心问题就是军队指挥权的归属。
