获得此情报的敌特工悄悄潜入红军内部，企图实施“青蛇计划”，将毒瘤植入革命队伍。石破天和宋杰英面对一场场明暗交错的力量抗衡，历经几番真假难辨的身份追踪，虽有多股势力、多重阻击，但两人最终成功的完成了任务。
作为一部和以往谍战剧不同的作品。该剧没有直接描写红军长征中的重大事件，也没有任何领袖人物出现，而是另辟蹊径，通过讲述长征途中一支小队伍中普通干部战士的命运和对敌斗争的故事，来展现红军的精神和情怀。观众通常熟悉的剧情是我方地下工作者打入敌人内部，而在《弹孔》中敌特邢子玉像毒针一样刺入红星团内部以后，敌我双方矛盾冲突不断激化，这种非典型剧情设置的确让人有耳目一新的感觉。但在剧情的某些细节上仍有些过于牵强巧合。
和一般谍战剧不同的是，《弹孔》中的战争戏更多，这样的结果大概和导演郑方南有些关系。郑方南是曾经红极一时的年度大戏《DA师》的编剧和导演，对拍摄战争场面的掌控也很到位。
