邱清泉得意没多久，刘伯承就选调精兵强将专门“摸第5军的老虎屁股”。邱清泉开始尝到了“中共第一悍将”(国民党名将白崇禧送给刘伯承的评语)的厉害。驰骋华东战场的另一中共名将粟裕在消灭国民党另一悍将张灵甫后也将目标锁在邱清泉身上。1948年6-7月，豫东战役打响，解放军先攻占历史名城开封，继而又作为诱饵扔给邱清泉。邱清泉不知是计，果然抛开友军，贸然进占开封空城，致使友军区寿年兵团被歼、黄百韬兵团围困，邱清泉却在开封城内彷徨观望。蒋介石大骂邱清泉“与友军相处，不解围，不互救，殊堪痛恨!”邱清泉只好冒死救出黄百韬兵团以赎罪。战后，为了对付刘伯承，邱清泉还专门总结了《战胜刘伯承之秘决》，分发部队，指导部队作战。可惜他这一套还没用上，就因在豫东战役中因为坐视区寿年兵团被歼，受到上司的训斥，气愤之余，请假回家。
邱清泉解甲归田后不久，蒋介石为笼络邱清泉继续为其卖命，又将第5军扩编为第2兵团，命令邱清泉为代理司令，不久升任司令。邱清泉接到命令后，如同被打了一针兴奋剂，当即重返沙场，扬言道:“我与共匪拼命去。”话虽如此，邱清泉精神风貌早已不是抗战时期的气吞万里如虎了。淮海战役前，邱率部驻扎河南商邱，邱清泉认为“商邱”与“伤邱”同音，苦恼不堪，整天琢磨如何撤离商邱。11月上旬，淮海战役打响后，邱清泉终于找到机会撤离商邱，但在解放军的打击下，把上级命令的“向徐州靠拢”变成不顾友军的大逃窜，不仅再次扔下黄百韬兵团，还扔下编入自己兵团的一个杂牌师。
一个月后，邱清泉兵团也成为解放军的瓮中之鳖。邱清泉左冲右突，无济于事，穷途末路之余，迷信心理又发作了，认为主帅杜聿明院子中长了一颗树，是个“困”字，影响了战局。于是邱清泉又怂恿杜聿明砍树。杜聿明哭笑不得，只好将树砍掉。邱清泉还是无法从解放军的重重包围中找出一丝缝隙。悲观之余，邱清泉地对属下说:“只有欧洲人打仗最好，打得赢就打，打不赢就降，不像我们中国，明知道不能打，也非打下去不可!”
邱清泉信心虽无，但还是如一头倔牛钻入内战的死胡同，怎么拉也不回头。12月中旬，解放军暂停对被围国民党军队的攻击，开展政治劝降运动。毛泽东还亲自写了《敦促杜聿明投降书》，向国民党主要将领进行劝降，并将邱清泉列在杜聿明名字之后。邱清泉发现解放军投掷的劝降信后，将信烧毁，并威胁长官杜聿明不要投降。邱清泉还命令，只要发现第一线哨兵传递任何信件，一律枪毙。
1949年1月6日，解放军再次发动对被围国民党军队的强大攻势，邱清泉兵团十万雄兵化顷刻瓦解，死的死、伤的伤、降的降。9日晚，就连邱清泉最倚重的第5军第45师也向解放军投降。受此打击，邱清泉只好通知残部“我已放弃指挥权”，然后带领最亲信的一个特务营向北逃窜。解放军早已严阵以待，四面的阻击阵地形成密集的火力网。在无望的突围中，邱清泉举枪自戕，当即毙命，曾经战功赫赫的抗日名将成为内战战场上可悲的一缕炮灰。
