维稳总参谋部
1966年夏，来势凶猛的“文化大革命”开始。动荡中，时任副总参谋长的李天佑以一个共产党员的坚强党性，坚持完成自己分管的国土防卫、战备工作和军事援外任务，努力保持总参机关正常工作秩序和部队稳定。
为时，总参谋长罗瑞卿被停职和隔离审查，由杨成武代理总参谋长，协助中央军委副主席叶剑英主持中央军委的日常工作，总参党委和日常工作主要由李天佑主持。周恩来和几位老帅多次语重心长地嘱咐李天佑：总参要坚持党的领导，不准成立群众组织;要保持稳定，不能乱。
八九月份，李天佑在总参召开的各种会议上，反复强调要贯彻周恩来和老帅们的指示，无论出现什么情况，都要坚持党的领导，坚持党的原则，努力保持总参机关稳定和安全。
10月5日，分布在全国各地的总参所属院校的“造反派”涌入北京，以批判“资产阶级反动路线”为由，冲击总参机关。李天佑看到一些领导干部无端地受冲击、被打倒，感到很痛心。他仗义执言，在力所能及的范围内，努力保护干部。他听说总参二部有位副部长被扣留，还要揪到南京某学院批斗，便立即赶到火车站劝说放人;他还特意给南京军区司令员许世友去电话，请他们协助做好“造反派”的工作。总参二部有位大革命时期入党，早年从事地下工作的部长，“文化大革命”开始后，在一张小报上有人诬陷其在上海被国民党逮捕后叛变。江青、康生得知后批示：这个人为什么还不逮捕?此件送给李天佑看后，他觉得仅凭一张小报，不经调查核实就抓起来，这样对待一个高级领导干部，未免轻率。经过反复思考，他先向周恩来作了汇报，表明了自己的看法。周恩来当即批示，将这位部长监护起来，由总参调查处理。后经总参专案组外调查证，否定了小报对这位部长的诬陷之词。
1967年年初，一些人冲进防化兵部大院，抢防化兵部印章，实行“夺权”，并在院内、楼内构筑工事，准备武斗。李天佑和王新亭派人去做工作，要他们撤出大院，遭到拒绝。周恩来得知后，指示派部队保护。李天佑遂派作战部副部长率领部队进驻防化兵部大院，维护纪律，进行宣传教育。经过细做工作，终将他们劝出大院。
总参三部担负着繁重的战备值班任务，但在中央文革小组某些人的唆使下，却成了总参机关最先乱的单位。该部下属院校的学生和工厂的部分工人纷纷冲击部机关，围攻、揪走部领导，擅自冲击机要区，甚至在机关大院中搭起帐篷，安营扎寨。鉴于三部的特殊地位，中央军委曾专门发布关于三部文化大革命的决定和指示，要求该部所属单位暂停“四大”，但“造反派”不听。三部5位局领导忧虑不安，相约向李天佑反映情况，讲到激动处都流下了眼泪。李天佑除了及时向中央军委反映情况外，还约王新亭召集三部处以上干部到京西宾馆开会，激励他们坚守工作岗位。1月9日，中央军委再次发布《关于三部文化大革命的决定》，从而稳定了这个部的局势。
社会上掀起武斗时，李天佑认为应加强部队武器装备管理，严防流失、被盗。他主持有关部门迅速提出加强枪支弹药管理的意见并以总参名义发出通知，要求各部队加强对枪支弹药的管理。
