出人意料当上局长
抗战后期，毛人凤在军统局局本部的小楼房内，整天批阅处理上传下达文件，常常通宵不眠，而且每个科员都可随时找他解决问题。不仅如此，毛人凤作风比较清廉。当时，军统局局本部在重庆掌握的公开单位很多，局本部各主管部门的负责人常常借口视察工作，乘机找油水，要下级部门“进贡”。毛人凤从来不去，许多机关的领导常常请他去视察，他总以自己不是负责人而推掉。实在推不掉的场合，他也只作一般性的业务报告，不以领导者自居。军统在每星期一上午举行总理纪念周活动，每当戴笠出门，毛人凤总是请郑介民或唐纵来主持，自己从不出面。
1946年3月，戴笠摔死在岱山，谁来领导国民党军事委员会调查统计局，这个当时世界上规模最大的特工系统?蒋介石先任命能力比较强的郑介民出任局长，毛人凤为副局长。不久，毛人凤以腐败问题搞垮郑介民，当上了保密局的一把手。貌不惊人、才不压众的毛人凤笑到最后。毛人凤不是军统初创的“十人团”成员，也非黄埔出身。外勤没有当过站长，内勤没有当过处长，凭什么接班?仔细想想毛人凤接班有他的道理。
毛人凤人缘好，上上下下关系都过得去。他善于公关，从来不得罪人。戴笠当权时，骄横跋扈，惹了许多权贵，树敌很多。毛人凤不去得罪权贵，并一直设法与他们沟通，缓解他们和军统间的矛盾，积累了大量的政治资源。毛人凤长期在军统核心做内勤工作，且事必亲躬。戴笠突然死去，也只有毛人凤能对军统的全局工作基本了解。军统长期扩张，已经尾大不掉，这时候要是搞一个野心大的人来干，势必继续扩张。蒋介石从全盘战略考量，选了一个他眼中老实听话的人接戴笠的班。
建议换国旗
戴笠死后，遗物很多，如汽车、房屋等，毛人凤一概不用。他宁可住处简陋，宁可自己费力找房，也绝不用戴笠用过的住房和办公室。军统新建大厦中最好的办公室，是戴笠生前设计的，毛人凤也不去用，而是要潘其武找一位懂“奇门遁甲”的人，推算了一间方位好的房间，虽然这间房间简陋，但他还是高兴使用。在毛人凤从副局长升到局长位置时，郑介民腾出了局长办公室，而毛人凤依旧在他原来那间房里办公。这一切在别人眼中，是简朴、廉洁，而根本的原因是迷信。
当国民党节节败退时，毛人凤忽然觉得，失败主要是由于国民党政府的国旗不吉利，因为是青天白日满地红，这象征着国民党的青天白日被满地的红色共产党所包围，所以招致失败。共产党之所以能满地红，是国民党政府国旗的缘故。国旗明确地表示了“满地红”包围了“青天白日”，“青天白日”还能不失败吗?他逃到昆明之后，便着手设计了一面新的国旗。旗面全部是青天白日，而把满地红缩小成为一点红放在白日中间，象征着国民党包围吞并共产党。毛人凤还不断对人讲：“那个不吉利的国旗早该换，太迟了，太迟了!”这种想法当然不能扭转国民党的败退，后来也不了了之。
