中央军嫡系将领固然骄不受命，地方非嫡系部队长官或因待遇不平，或出于保存实力的考虑，抗不遵命者常有之。长沙失陷后，蒋介石曾电令薛岳将第九战区主力布守湘江以西，以拱卫西南大后方。薛岳拒不从命，声称必须固守湘东南，不让日军打通粤汉路与通往香港之海道。而据徐永昌等人揣测，“薛伯陵(引者注：薛岳)不欲至铁道以西，其心叵测，盖一旦有事，渠颇有划疆自保之意。”
另据徐永昌日记，军政部长何应钦感慨部队整理之难，即如近在重庆之九十七军军长指挥不动其师长，言下唏嘘不置。
此次湖南会战，除第九战区外，还从第三、第六战区抽调兵力。由于参战系统不一，容易出现多头指挥。除蒋介石越级指挥外，侍从室主任林蔚也常以蒋的名义发号施令。薛岳作为第九战区司令长官在其防区内自有调兵遣将之权。李玉堂等集团军主官也可名正言顺地指挥其下属。衡阳会战期间，蒋介石指派军委会副总参谋长白崇禧前往桂林，协调指挥衡阳一带战事。白崇禧在战略方针上本与军令部长徐永昌意见不一，薛岳的作战意图亦与白崇禧不同。在这种不统一、也不专一的多头指挥之下，难免前后矛盾，左右失调，令作战部队无所适从。以第六十二军为例，该军属余汉谋第七战区建制。长沙告急后，蒋介石电令余汉谋调第六十二军担任衡阳外围作战任务，归第二十七集团军副总司令李玉堂指挥。据该军军长黄涛晚年回忆，该军在衡阳参战期间，重庆军事委员会侍从室主任林蔚常以蒋介石的命令直接指挥;薛岳也以第九战区司令长官名义来指挥;李玉堂又以第二十七集团军副总司令名义来指挥。第六十二军处于多头指挥而又命令不一的情况下，只好以军事委员会蒋介石的命令为行动依据，直接与侍从室主任林蔚密切联系;有时故意藉蒋介石的命令去抵制第九战区司令长官薛岳的调遣，薛岳亦无可奈何。
