按照军事指挥系统，身为委员长的蒋介石只要将指令下达给战区司令长官即可，但蒋素有越级指挥的习惯。一些大的战役，蒋必亲自遥控指挥，通过电报、电话，频频传布命令到前方，不仅越级指挥集团军和军，甚至直接指令到团、营一级。1944年6月12日军令部长徐永昌在日记中发牢骚说：“委员长每好亲拟电，亲笔信，或亲自电话，细碎指示，往往一团一营如何位置等，均为详及。各司令长官或部队长既不敢违背，亦乐于奉行，致责任有所诿谢，结果，所至战事愈不堪问矣。因委员长之要求，即本部指导者，实亦有过于干涉之嫌。”
由于蒋介石事无巨细均要亲自过问，部队长官不敢自作主张，或为了卸责，遇事均请示执行，导致前方将领欠缺自主作战意识和机动应变能力。1944年5月6日徐永昌日记载，当日军事委员会“会报不及两小时，蔚文(引者注：侍从室主任林蔚)转达第一战区电话至四五次，闻有时一团之活动，战区亦请示委员长，此非丛脞而何!”徐永昌身为军令部长，深感蒋介石“权责集于一身，余等欲少分其劳而不可得，以是往往于横的方面不能多所裨助，转觉国事有举轻若重之嫌，深用惶叹!”
张治中1939~1940年间曾任侍从室主任。他对蒋介石的高度集权深有体会：“蒋对军队的统率，向来采集权于一身的办法，养成习惯已久，所以部队将领就有一种反映：部队接到蒋委员长电报，先看电尾是那一个机关主办的，如'中正手启'是要特别注意的，如是'中正侍参'(引者注：侍从室主办的)也还重视，但如是其他部门主办的电报，就要看情形来决定遵行的程度了。所以军令部、军政部甚至后方勤务部，有时为求命令有效，也要用'中正手启'名义发电。这种个人集权、机构无权的特殊现象，坏处甚多，决难持久……我认为这是以后军事失败种种原因之一。”
蒋介石集事权于一身，却又经常埋怨手下无人负责办事。军令部副部长刘斐私下与徐永昌议论时，即认为这种状况“实由委员长自己造成，将领骄不受命，必委员长手令才有几分几的效率;派出人员必侍从参谋。此全系不运用组织，自毁机构能力”。
