事后分析，整个湖南会战期间，徐永昌主掌的军令部对敌情的判断及其战略部署明显存有缺陷。如前所述，日本担心设在广西桂林的美空军基地对其本土发动空袭，自始即将桂林作为此次作战的最重要目标。但徐永昌一直对日军的战略意图和主攻方向判断不明，且太注重盟军的观感，一意主张节节抵抗，步步阻击，处处设防。而蒋介石基本上接受了徐永昌的意见。结果是，国军防广兵单，顾此失彼，处处都不愿主动弃守，处处都未能集中优势兵力，对日军形成重点防守和重点出击。湖南会战初期，徐永昌和蒋介石对日军攻势和参战兵力估计不足，导致国军逐次使用不充分之兵力。无论长沙、衡阳，均无充足决战之兵，将应参与决战之有限兵力，分用于决战地后方第二线之防守，甚至因对日军主攻方向判断有误，将兵力分用于日军非攻击方面之防守。
与国军不同，日军常集中优势兵力，纵深部署，“亘全战役期间，敌之实力在全面计算虽劣于我军，但在重点方面，均居优势，且对长(沙)、浏(阳)、衡(阳)三要点之攻略，概以绝对优势之兵力，纵深部署，施行攻击”，最终将国军逐一击破。
三、指挥与协调
战时国军指挥系统是，重庆军事委员会设统帅部，指挥各战区司令长官;军委会委员长为最高统帅，参谋总长、副参谋总长襄助委员长处理该会一切职务，下设军令、军政、军训、政治和后勤等部，分掌作战指导、兵员征募、军队训练、政治教育、后方勤务等职能。战区之下，其层级依次为集团军、军、师、团等。抗战初期，曾于战区之下、集团军之上设兵团;集团军之下、军之上设军团;师之下、团之上设旅。但一年多后分别被简化。
