1949年，此院已不见一盆菊花，根据楹联“庭松不改青葱色，盆菊仍靠清净香”，可推想全盛时期黄花分外香的情景。起初，林伯渠住在菊香书屋，周恩来带着他的工作班子搬进来时，林伯渠看他们人多就把房子让了出来。周恩来在菊香书屋居住的时候，已经组织修建科整修，准备迎接毛泽东。
当时的中南海丝毫没有皇家园林的优美华丽，处处凋残破损，枯枝败叶当阶罩，腥臭弥漫太液池。华北军区三百名士兵放干污水，忙活了一个春天，才把至少百年没清理过的淤泥挖净，淤泥里甚至还挖出不少枪支和手榴弹。战士们又从山上采来条石砌湖岸，建码头，引泉水，养鱼类，到1949年夏天，中南海终于碧波荡漾。
新任北平市市长叶剑英坚持要求毛泽东搬到四面有围墙的中南海，周恩来也劝他“还是听父母官的吧”。毛泽东一则非常喜欢香山清新安静的环境，二则忌讳中南海住过慈禧、光绪、袁世凯等。他对周恩来说：“中南海过去是什么人住的地方，这个你是知道的，我们住进去不妥，我是不想进去的！”叶和周几次劝说，毛皆反对，连说“不谈不谈！”
