地铁3号线基本就是沿着青溪修的
南京大学文化与自然遗产研究所所长贺云翱教授告诉记者，根据考古资料和文献记载，大行宫那个位置确实有条古河道，只不过名字不是秦淮河，而是青溪。“青溪是三国时期孙权开挖的。当时孙权为了构建建邺城东侧和南侧的防线，在城内原有河道的基础上，开挖了北接玄武湖，南连秦淮河的人工河，史称青溪。青溪从玄武湖流出，沿着现在的太平北路、太平南路一路向南，到四象桥那个位置分为东西两支，东边一支流到淮清桥和秦淮河相连，西边一支流到水西门和秦淮河相连。这条河珠江路以北的部分现在还能看到，以南的部分民国时期还能看到零星遗迹，现在已经不存在了。地铁3号线市政府到夫子庙这一段，基本就是沿着这条河道修的。”
另两条是东吴的运渎，南唐的杨吴城壕
除了这一段河道外，南京城内被覆盖的古河道主要还有两条，一条是东吴时期的运渎，一条是南唐时期的杨吴城壕。
“前者的位置大约是从双塘路的上浮桥出发，沿着彩霞街、评事街、大香炉一路北上，穿过新街口后到达北门桥，然后和进香河相连，直通玄武湖。这条河道从东吴的宫城中穿过，主要是为了解决物资运输的问题。这条河评事街以南的部分民国时期还有，现在都已经不存在了，进香河也变成了进香河路。杨吴城壕则是杨吴以及南唐时期开挖的护城河，其东段是龙蟠中路西侧的河流，南段借用的是建邺路、白下路以南的青溪，西段是虎踞南路以西的秦淮河，北段在现在的广州路、珠江路以南。整条护城河，北段大约是明代初期消失的，只保留了干河沿这样的地名、以及乌龙潭公园，其它基本保留至今。”贺教授表示。
至于其它消失的河流，重要性已经不能和这三条河相比。“南京历史上主要有5个大建设时期，分别是南朝、南唐、明初、民国以及新中国成立后。前两者距今太过久远，影响已经不大，南京的河流，主要是在明初、民国和新中国成立后这三个时期消失的。”
目前南京正在施工的地铁3号线、4号线都会遭遇古河道。
