平反的不彻底，引起了人们的不满。岳飞到底是真反还是未反?到底是逆臣还是忠臣?朝廷态度不明确，引起了人们的猜测、疑惑、不满。这次平反昭雪工作，甚至产生了负效应。
被害84年后终得彻底平反昭雪
随着赵构、秦桧的故去，与岳飞冤案有牵连的许多当事人已不在人世，这为岳飞冤案的昭雪减少了政治与社会阻力。但与此同时，当时历史的见证者也相继离世，这些“活档案”的消失，从客观上削弱了历史的旁证。有一个情况需要提及，除掉岳飞后，秦桧独揽大权，始终以宰相兼领“监修国史”、“专元宰之位而董笔削之柄”，并指派其养子秦熺主编南宋国史编年体的日历和实录，极尽篡改史实之能事。秦桧还在史馆中大力安插亲信，秉记事之职者“非其子弟即其党羽”，“凡论人章疏，皆桧自操以授言者，识之者曰：‘此老秦笔也’”。(《宋史》)
《建炎以来系年要录》和《三朝北盟会编》是研究南宋历史的两部重要典籍，但两书之中关于岳飞的许多记述，却是残缺不全、错漏百出，这也正是秦桧专权期间大兴文字狱，大肆篡改官史、严禁私史的恶果。这给岳飞之孙岳珂搜集、整理为祖父昭雪的历史资料，造成了巨大障碍。
所有的努力都没有效果。孝宗淳熙十六年(公元1189年)退位，宋光宗赵惇继位之后，绍熙三年(公元1192年)，岳飞之子岳霖去世。老人临终前拉着儿子岳珂的手说：“先公之忠未显，冤未白，事实之在人耳目者，日就堙没。余幼罹大祸，漂泊及仕而考于闻见，访于遗卒，掇拾参合，必求其当，故姑俟搜摭而未及上。苟能卒父志，死可以瞑目矣。”(《金佗编》卷九)岳珂谨遵父命，在其父岳霖前期努力的基础上，历经十年，于宋宁宗嘉泰三年(公元1203年)搜集、编撰包括“高宗皇帝御笔手诏”和《吁天辨诬》在内的大量证据文献进献朝廷。此时，距岳飞被害已62年。但由于宋孝宗为岳飞平反的不彻底，加之秦桧对历史资料的篡改与歪曲，人们对岳飞冤狱仍众说纷纭，莫衷一是。
