7月30日，中美双方宣布，美国政府将向事件中的27位受伤者以及3位死者的家属，支付450万美元的赔偿。9月，美方将赔款交付中国政府。同月，克林顿和江泽民利用参加在新西兰奥克兰举行的亚太经合组织首脑会议之机，进行了数次颇有成效的会谈。此后，总统国家安全事务助理桑迪?伯杰对外表示中美关系已经“回到正轨”。
1999年11月，中美双方就中国加入世贸组织达成协议。同年12月，美国政府同意支付中国政府2800万美元以赔偿中国使馆遭受的损毁，协议同时要求中国付给美国280万美元以赔偿美驻华外交机构的损失。2000年初，中美两国恢复了全面的双边军事交流。
然而在非官方的场合，很多中国人依然认为炸馆事件是蓄意而为，美国人或是为了惩罚中国在科索沃战争问题上与美国作对，或是为了逼迫中国在台湾或其他问题上做出让步。
2000年4月，中情局宣布了对炸馆事件责任人的处罚：解雇一位中级官员，并对其他6人给予行政处分。中国外交部发言人批评中情局的措施失当，并再度呼吁美国政府“惩罚肇事者”。然而，此时华盛顿已忙于即将在11月举行的总统大选，北京也将注意力集中到应对民进党候选人陈水扁竞选台湾“总统”一事上。
事后来看，此次危机之所以最终得以缓解，很大程度上有赖于双方多年的交往、商贸关系、对两国共同战略利益(“压舱石”)的全面认识，以及危机管理者真诚的努力，使这一依然神秘难解的悲剧性事件不再成为影响两国关系发展的障碍。稳住了中美关系这艘在惊涛骇浪中穿行的巨轮。
