近年来，两岸渔业纠纷不断。2003年10月，台湾马祖海巡队向大陆渔船开枪，导致两名渔民大腿中枪。《联合晚报》称，2006年台湾海巡艇在金门一带拦截登检大陆渔船时，一名分队长被大陆渔民持刀挟持，台方以震撼弹、霰弹枪和催泪瓦斯弹将其制伏。
倪永杰16日在接受记者采访时称，浙江和福建的渔民经常与台湾渔船在同一个渔场捕鱼，产生一些小的摩擦和纠纷也很正常，原来是由两岸红十字会协调解决，后来通过两会机制，但并没有从根本上解决渔业纠纷。
他建议两岸应该尽快签署渔业协定：一是建立纠纷处理机制，二是根据大陆人和台湾人各自比较喜欢的鱼种，对渔场进行规划和分工，不要双方出了什么事情就闹起来，伤感情。
至于台湾海巡队此次事件的处理是否得当，倪永杰说，它当然是照顾台湾渔民的利益，所以处理方式比较简单，“我觉得动不动就扣人，还是不太好”。
