清朝廷的意思是永不割让给包括日本在内的各国，但日本则强词夺理解释为不可割让给日本以外的他国，所以接下来日本在福建省所做的事就完全不受该条约所约束。此条约其实与日本的“对岸”政策息息相关，签订之后引起英、美、俄、法等国的注意及防范。
1900年1月，台湾总督府为了处理和中国大陆的关系事务，设立了“对岸事务挂”，统辖和福建、广东的有关政务。
2月，清廷在日本的压力下低头，逮捕从淡水逃抵厦门的“台湾抗日三猛”之一的简大狮，并以“日本国之匪徒”名义，接受日本引渡而递解出境，简大狮被押返台湾后，3月11日被绞死于台北监狱刑场内。
经济策略方面，日本统治后最重要的工作就是掌握台湾金融市场，第一步就是统一台湾流通货币，筹画创办“台湾银行”。日本帝国议会通过《台湾银行法》后筹备两年多，1899年9月正式营业并发行新货币，除在台北设置总行，并在台南、台中、嘉义、宜兰、凤山、新竹、澎湖、淡水8个地方开设分行。
儿玉源太郎在《备忘录》中提议“开设台湾银行厦门支店(分行)”，就是要以厦门分行做为经营对岸的窗口，为将来占领厦门铺路。当时的台湾总督府民政长官后藤新平曾向台湾银行创立委员会提出：“厦门是台湾的中心，至少在历史上，厦门是控制台湾财经界的中心。”所以要藉开设分行吸收厦门一带的资金以供台湾建设，更重要的是《福建省不割让条约》签订后，在日本南进策略上，厦门的地位将比台湾更具“前哨”意义，提高了厦门开设分行的必要性。
日本当局接受这个意见，1900年1月开设厦门分行，后藤新平特别从台湾到厦门以表示“日华亲善”，并联络台湾富户林维源等商人，厦门分行5月即正式营业。
台湾银行具有殖民地中央银行的性质，兼具支援对岸政策的金融事业之使命，成立后第4年设立香港分行，随后福州、汕头、广东、上海、九江、汉口等各地也设了分行。这些分行营业对象最早是台籍商人及海外华侨，后来扩及日本商人，以及成为日本资金流通中国大陆的仲介角色，台湾银行也积极扩展南洋地区市场，扮演日本南进的重要经济推手。
