与此同时，晚高亨一届的姜亮夫也完成了中国敦煌史料的奠基工作。1935年，姜亮夫自费去法国留学，打算去巴黎大学攻读博士学位。他在欧洲看到敦煌珍宝展览，欧洲学者对这些东西如数家珍时，民族自尊心大受刺激，与同伴王重民、向达商议一起来搞敦煌学研究。为此，他放弃了攻读博士的机会，专心致力于敦煌史料的搜集工作。
抄写工作非常费力，深藏在博物馆里的敦煌经卷，因为年代久远，上面落满了灰尘和污垢，有些地方几乎字迹全无。为此姜亮夫想了许多法子，他用小刀片轻轻地刮拭卷面，将线装书拆开放一张白纸进去临描。这项工作进展非常缓慢，有时候一天只能弄出一两行。等做完这项工作的时候，姜亮夫的视力下降了600度。
拍照工作不那么费力，但需要花钱。当时博物馆规定，一张照片14法郎。为了节省经费，姜亮夫每天只吃干面包喝白开水，晚上回家也就是用菜叶和米煮点粥。最后，他们一共拍回了三千多张照片。
“卢沟桥事变”前三天，姜亮夫取道莫斯科经西伯利亚回国。途中，很多行李都被侵华日军抢走，一个同路人还惨遭日寇杀害。幸运的是，他们的资料是通过邮政寄回中国的，最终顺利运到了国内。姜亮夫、王重民和向达就从这批资料开始，创立了中国人自己的敦煌学研究。
然而，战争毕竟是残酷的。
1942年7月7日，国立中正大学教授姚名达在江西抗日前线不幸牺牲，是为抗日捐躯的第一位大学教授。1944年2月23日，武汉大学历史系教授吴其昌在乐山病逝。
姚名达与吴其昌同为清华研究院首批学生，在清华研修时间亦最久，是同学中公认的两大才子。二人又都极富爱国热忱，姚名达发起组织“战地服务团”支援前线抗战，赤手空拳与日军博斗，最终壮烈殉国。而吴其昌则绝食于中山陵前，但求政府抗日，临死仍抱病讲课，终“尽瘁于讲坛”。二人爱国之热忱，赴死之果决，怎么看都像是烙上了先师王国维的印记。这或许与清华研究院采取旧书院体制，师生共同生活，耳濡目染不无关系。
与王国维一样，弟子刘节也是一个刚直不阿的学者。抗战期间，几经辗转，刘节来到重庆，在中央大学任教。此时，传来岳父钱稻孙接受日本委任出任伪北大校长的消息。刘节深以为耻，立即辞去重庆大学教授，决意“卖文疗饥，茹苦明志”。滞居重庆时，幸得北平图书馆等机构接济，刘节仍然从事学术研究，相继完成《历史论》《人性论》《中国古代宗族移植史论》等专着，在历史哲学领域颇有建树。
尽管国破家亡，颠沛流离，但清华国学院的学生们并没有放弃自己的使命。第三届学生蓝文徵非常自豪地回忆说：“抗战期中，同学在各大学任教务长、训导长、院长、研究所主任及文史两系主任的，约有十七八人，被誉为好教授的，为数更多。”