作为长远目标，萨伯公司还正在为争夺2010～2020年世界战斗机市场作长远的准备。届时F16、FA18、“幻影”2000、米格-29等第三代战斗机将到寿。为了能与美国的JSF竞争，公司正计划对JAS-39进行一系列重大的改进。正在研究中的改进项目包括：采用推力矢量系统，以提高飞机的机动性和作战效能;选用推力更大的发动机;减少雷达和其他外部特征值，增强飞机的隐身性能;改装一部主动式相控阵雷达、下一代红外搜索与跟踪系统、电子支援系统及数据链。有关方面还在投资进行先进的电子扫描雷达的研制工作，最终将取代PS-05/A多模式脉冲多普勒雷达;将具备挂装下一代超视距空空导弹的能力;采用下一代座舱人机界面，包括采用大屏幕显示器和先进头盔显示器;降低维护和使用费用。
目前瑞典有关方面还正在强调对该机进行提高其信息战能力的改进。由于JAS-39是在80年代初开始研制的，当时并没有刻意考虑隐身问题，所以现在也只能采用“折衷”的隐身措施;主要是在进气口、座舱盖和雷达天线等部位作一些修改，以达到一定程度的隐身能力。目前公司还在研究如何进一步降低该机的雷达信号特征值问题，采用武器内挂方案也在研究之列。但这不仅会导致该机的尺寸和重量增加，价格也会随之提高。由于机体尺寸较小，因而从隐身角度来讲是有利的。
JAS-39在设计上对减轻飞机重量是相当重视的，机体的25%由碳纤维复合材料制成。该机采用三角翼鸭式布局，利于提高飞机的机动性和敏捷性，该机机头指向能力颇受重视。机上装有全权限数字式飞行控制系统和先进的武器系统。
该机良好的多用途能力，使之适用于执行空战、对地攻击和侦察多种任务，并能在执行某种任务的过程中更改任务模式。这对于提高部队的快速反应能力是十分有利的。机上装有空对空战术信息数据传输系统，它能在飞机间以及飞机与海基、地基的探测装置间进行实时的信息传输。瑞典有关人士指出，该系统对提高机队的作战能力和快速反应能力有重要作用。机上装有一套任务计划系统，可由飞机探测系统收集到的信息自动对数据库进行修正，还可通过利用与其他飞机相连的数据链来提高其效能。飞机的信息收集能力利于缩短任务周期时间，以提高飞机出动架次数。
JAS-39在研制改进中十分重视提高该机的再次出动率。由一个包括一名机械师和五名机械员组成的维护保养小组进行维护，JAS-39执行空战任务的再次出动时间缩短为10分钟，执行对地攻击任务的再次出动时间缩短为20分钟。在研制中充分考虑了瑞典空军在战时的疏散使用原则，能在数量众多的公路跑道上起降。下图为JAS-39在狭窄的乡间公路上机动。
瑞典有关人士称，军方计划对将于2003～2007年交付的第三批JAS-39飞机进行较大范围的改进，其中包括加装GPS系统、数字化任务记录系统，降低了飞机信号特征，提高飞机挂载能力。这将涉及飞机的结构改变，起飞重量和着陆重量的增大。新型内装式电子战干扰系统正在研制中，它既可用于第三批飞机，也可装在早期的型号中。另一项重大改进是，座舱内将装3台6.2×8.3英寸的大型彩色多功能显示器，使总显示面积达到967平方厘米(150平方英寸)左右，这在战斗机中是少见的。目前，用于JAS-39的头盔瞄准具也在研制之中。2003年6月，萨伯公司和英国宇航公司已经签订了“鹰狮”综合头盔显示器(IHMD)系统的协议。该协议规定2007年将把整合完毕的IHMD交付南非空军，新头盔能够使驾驶员使用头盔显示器观察、锁定和攻击目标。该头盔是英国宇航公司为欧洲战斗机“台风”研制的“攻击者”(Striker)头盔的改进型号，重新命名为“眼镜蛇”(Cobra)。IHMD目前列为“鹰狮”出口型的供选设备，南非是订购该系统的第一个顾客。
第三批JAS-39的改进包括：采用新型信号数据处理计算机和全权限数字式发动机控制系统。上述改进中还将为JAS-39选择更新型的作战武器，如下图中的FMRAAM先进中距空空导弹。FMRAAM是美国AIM-120先进中距空空导弹的改进型，采用冲压发动机，射程和电子设备能力有较大提高。
