就在他在小楼里加紧他的战争理论著作时，外界对其去向也一直紧盯不放，起初，国民党政府一直以“目前在华仍然有部分日本军民和征用的技术人员尚未遣返完毕，冈村现仍以联络员身份协助处理未了事宜”等语予以搪塞。但1948年3月，远东国际军事法庭派人来到了南京政府国防部，声称一定要将其带走，当时整个战犯的审理工作将要结束，4月解散法庭前一定要将其带回受审。
此时的冈村宁次正患肺病，国民党政府以其患病为理由，说他正被监视居住，病好后送回日本审理。到了6月，远东军事法庭并没有解散，国民党政府仍拒绝送交冈村，新理由是“冈村宁次并未参加日本侵华的中央系统组织，其行为仅与在中国战场上发生的事实有关，因此不须送往东京审理”。
1948年7月7日上午，他终于接到了国防部军事法庭的传票，要其12日到上海商会礼堂进行受审。
惊惧中的冈村在8日上午收到何应钦的口信：蒋主席、陈诚参谋长包括他自己对冈村在战后的工作甚为满意，表示感谢;上海审判是为了应付舆论，毋庸挂虑。
12日，在副官和翻译的陪同下，他来到法庭，检察官对他的作战经历和与之相关的部下的不法行为进行了调查，“大体上似乎没有我个人的犯罪事项”。审判后，庭长和翻译之间为他是否应该进战犯监狱进行了激烈争辩，石美瑜庭长坚决说，既然他能够受审，且健康状况良好，应该立即送往监狱。有着何应钦保证的翻译说现在寓所是国防部指定的，要搬离需国防部同意，最后居然还是国防部出面保释。
8月9日，不知道底细的石美瑜庭长向国防部继续提出冈村宁次应该被拘押在战犯监狱的建议，最终获得批准。对冈村的关注成为这个时期报章的特点，大批记者成天聚集在法庭之外，看见冈村就迅速围上去，但是，守口如瓶的冈村只是匆匆忙忙地在法庭和监狱之间进出，绝不多言。
被宣布“无罪”的战争罪犯
8月23日正式公审的名单公布：石美瑜任庭长、王家媚任检察官。除了他们之外，还有法官陆起、林建鹏、张体坤、叶在增，当时这批司法人员年轻气盛，一心想通过审判冈村宁次为民族伸张正义。“他们对冈村和中国的上层军政大员所做的交易并不知情。”研究者李福田说。王检察官在取证时，国防部、外交部都没有提供什么具体材料，他只能把冈村宁次在1944年指挥部队进攻桂林、柳州时的罪行拿出起诉，其部下有7个师团长和1个旅团长已经被判刑，冈村以连带罪被起诉。
为冈村辩护的是上海当时几个著名的律师：江一平、杨鹏、钱龙生，杨和江由国防部出面聘请，江一平的父亲也是上海著名的律师，他极力反对儿子为冈村辩护，不想让他被世人唾骂，冈村也担心他不能按时出庭。但是，“在此情况下，江一平律师不顾其父反对，毅然出庭，并列举我在华北方面军任司令官时为供给农民棉布、打击奸商等事例，为我辩护。使我永铭肺腑”。冈村在多年后仍然不忘江一平为其开脱之情，1961年到台北访问时，还到其家访问。
