6月24日上午8时，将高敬亭枪杀在青龙场。高敬亭死前提出最后的要求：“我是共产党员，要死在红地毯上。”他的要求未能获准。时年，高敬亭年仅32岁。
高敬亭被错误杀害后，四支队被支解为几个部队，有2000多战士认为革命无望而脱离队伍。高敬亭的亲属受到极不人道的虐待，女儿刚10个月被送给一户农民抚养，后被饿死，高敬亭临死之前给妻子史玉清留信一封：“玉清同志，我觉得革命才有出路。已决定我明日上午八时处以死刑......。”
高敬亭枪杀后，史玉清被开除党籍，逮捕入狱，在狱中生下小女儿高凤英。
高敬亭被杀不久，毛泽东气愤地发电报质问叶挺、邓子恢等人：“我们让高敬亭回延安，你们为什么杀他?速查清原因报中央。”同年11月，周恩来、刘少奇到达新四军江北指挥部，质问有关人员：“高敬亭招革命的兵，买革命的马，有什么不好?我们开辟的根据地为什么要让给国民党。离开大别山，我们没有根据地。”1943年，参与杀害高敬亭的周骏鸣到延安中央党校学习，毛泽东、刘少奇再次质问：“按你们说的，高敬亭有错误，为什么你们不听中央的，为什么要枪毙高敬亭!”刘少奇说：“有大别山根据地不是更好吗?到路东没有基础。”
高敬亭的女儿高凤英
1975年10月，几位过早离开工作岗位在合肥休息的原红二十八军、新四军四支队的老首长告诉史玉清：“主席、总理的身体都不太好了，要抓紧申诉。”史玉清把高敬亭的一切都告诉了女儿高凤英。11月10日，高凤英在父亲老部下、老战友的帮助下给毛泽东主席写了一封长信：
敬爱的毛主席：
我是已故红二十八军军长、新四军四支队政委兼司令员高敬亭的女儿高凤英，中共党员，现在安徽省军区105医院任医师。.....我父亲是革命者，而不是反革命者。既然是革命却又为什么被杀呢?......我希望能够早日知道这个结论，来解除我母女政治上的压力。
同年11月30日，毛泽东主席收到信后批示：“请汪(汪东兴，笔者注)向了解此案的同志询问一下，以其结果告我。”12月9日，汪东兴将调查的事情真相如实向主席汇报。毛泽东主席在报告上指示：“请军委讨论一次，我意此案处理不当，其责任我怀疑主要是项英。”
1976年1月和9月，周恩来总理和毛泽东主席相继去世。1977年4月27日，中国人民解放军总政治部发出机密5号文件--《关于给高敬亭同志平反的通知》。1980年4月19日，高敬亭将军的骨灰安放仪式在合肥举行。党和国家领导人李先念副主席、徐向前元帅、谭震林、栗裕、肖望东将军，张劲夫、程子华、郭述申首长以及高将军的部下万海峰、林维先、李世安将军等40多人送了花圈，300多老部下、老战友参加了安放仪式。中共中央总书记胡耀邦在合肥接见了史玉清和高凤英，亲切地说：“如果有人认为平反后还应有尾巴，那是错误的。”他对高凤英说：“你有一位好爸爸，要向他学习。”1989年6月，在高敬亭遇害50周年之际，方毅副总理、万海峰上将、林维先中将，主持召开了纪念大会，怀念这位卓越的将领和革命的先驱者。
