高敬亭参加革命后，由于长期处在恶劣的战争环境中，他没有条件学习和掌握必要的马克思主义理论，却受到张国煮极力鼓吹和推行的极左路线的影响。在3年游击战争中，他领导的红二十八军失去同上级党组织联系后，没有建立起集体领导制度。因此，他在领导部队坚持斗争并作出重要贡献的同时，却也产生了某些错误倾向，这同他身上存在的历史局限性是具有很大关系的。
在延安，毛泽东派出曾在高敬亭手下工作过的郑位三、程启文、张体学到高敬亭的部队工作，毛泽东叮嘱郑位三等人：“你们见到高敬亭之后，切记不要唱高调，对部队中存在的问题要让他们自己去认识和总结。千万不要用延安批判张国熹那一套去套他们，各地有各地的情况，不能用一个模式去套，你们明白我的意思吗?”1937年9月，郑位三一行来到七里坪，郑位三在欢迎大会上，代表党中央、毛泽东向红二十八军和鄂豫皖边区的人民群众表示敬意和亲切的问候，祝贺他们坚持3年游击战争取得的辉煌胜利，并报告了八路军在平型关消灭日军1000余人的胜利消息，传达了党中央关于红二十八军将要改编，并东进皖中、皖东创建敌后抗日根据地的指示，号召全军指战员继续发扬革命传统，随时准备开赴抗日前线。
高敬亭的厄运
最严重的错误是，5月10日，叶挺一行抵达舒城西港冲四支队留守处，当晚即召开支队连以上干部参加的军事会议。会上全体与会人员一致表示坚决执行中央和军部的东进命令。高敬亭也被迫举手同意。但会后，他迟迟不下达东进的命令。叶挺愤怒了，这位北伐名将素以治军甚严著称，高敬亭竟然不听指挥，让他怒发冲冠呢?叶挺以江北指挥部的名义直接命令第七团、第九团东进。此时，高敬亭却写信命令七、九团停止前进，公然抗命。九团团长詹化雨和团政委胡继亭抵制了高敬亭的错误命令，并及时向江北指挥部汇报。而就在此刻，第七团团长杨克志、副团长曹玉福在率部攻打汉奸武装周家老屋后将所缴获的钱财据为己有，并于5月20日，携20余人叛逃投降了国民党。杨、曹是高敬亭一手提拔起来的，所以，支队部曾研究过处理他们，并委托高敬亭亲自去做工作，但高敬亭迟迟未去。
杨、曹叛逃，引起了各方面对高敬亭的不满。项英立即来电，要叶挺开展“反杨、曹斗争”。在戴季英等人主持的“反杨、曹”斗争中，揭发出高敬亭的一些问题。项英当机立断，在部队中开展了6月4日，叶挺来到安徽省肥东青龙场，派四支队第八团团长周骏鸣去舒城县西港冲传达命令，要高敬亭速率教导大队(原手枪团)赴下墉集地区。高敬亭稍做安排，即辞别爱妻史玉清和生下才9个月的女儿，率部赶到军首长指定地区。
当高敬亭到达青龙场时，周骏鸣说军长在褚家老屋等候。高敬亭得知此情，急忙带着3名警卫员赶到褚家老屋，他一进门，就被叶挺的副官黄序廷带人逮捕起来了。高敬亭被搞得莫名其妙，问，“我犯了什么借误?你们为什么将我抓起来?从此，高敬亭失去了自由，天天接受审讯。在“反高斗争”中，高敬亭除了承认过去“肃反”有扩大化的倾向外，拒绝承认强加在他头上的其他罪名。对于戴季英等人给他的残酷斗争和无情打击，他持抗议态度，认为是打击报复，公报私仇。这也许正是他的悲哀之处，没有人为他说公道话，没有人将他的思想错误与“反革命”的帽子区分开。因为人人都目睹过高敬亭的骄傲自大的作风。6月15日，中共中央书记处发来电报，决定撤消高敬亭四支队司令员的职务。此后，对高敬亭的斗争更加残酷，甚至严刑拷打，但他始终没有低头认罪。他意识到自己已经凶多吉少，他更加思念爱妻幼女，在给史玉清的诀别信中，为革命尚未胜利自己却屈死在自己人的刀下深感痛悔，眷恋革命生涯，并嘱咐史玉清：“孩子你能带则带，不能带就托付给老百姓……”
6月20日，项英以“反革命、反党、反中央”等罪名，分别向中共中央和国民党军事当局发出要枪决高敬亭的电报。同时，国民党战区司令廖磊也向蒋介石诬告四支队“在皖省横行骚扰”、“闹独立”、“游而不击”等7条“罪状”。
在延安的毛泽东接到项英的电报痛心得久久说不出话来，他最担心的事情终于发生了。高敬亭固然有错误，但他毕竟是对中国革命做出过重大贡献，毕竟是共产党的高级干部，而且现在大敌当前，用人之际，岂可草率行事!毛泽东坐在那里，足足抽了两三支烟，才在回电中写到：“争取教育改造四支队，对高敬亭采取一些过渡办法，利用目前机会由军部派遣一些得力干部去四支队工作，以帮助四支队之改造与整理。”然而，中共中央的电报已经迟了。高敬亭的人头已经落地!
