可以想象，这时驻在北京的明朝军队怎能幸免于瘟疫。当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。按一位明朝遗民张怡的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能上京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐。不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。当时的守城将官低声下气求人来守城，“逾五六日尚未集”，朱由检下令让太监三四千人上了城墙。到了李自成兵临城下时，北京内城上五个城垛才有一个士兵，而且都是老弱病残，“鸠形鹄面，充数而已”，三月十七日李自成已经到了西直门时，京城还没什么像样的防御，而士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡李自成的精锐之师?
有史料说，当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官“鞭一人则一人起”，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许，这都是一群半死的病人。
但是，这里仍有疑问。首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们自己难道不会被传染?专家对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。
这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显著特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。
每一种疾病，有每一种疾病的机理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。这个时候李自成来了。如果李自成早几个月进来，他们也会被鼠疫消灭掉，不过，到最终清军还会进来，这个大趋势不会变。历史的演变真是非常有意思。
如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明王朝面临着强大的外敌入侵。为了应付辽东防务的沉重负担，于是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变。战争，又导致灾荒和疫病的后果成倍扩大，无法收拾。
灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。
