在党中央、国务院高度重视下，经过李维汉、习仲勋等同班禅反复交换意见，最终形成了旨在西藏工作中纠“左”防急的4个文件，并报经国务院批准。遗憾的是，在1962年秋的八届十中全会后，阶级斗争扩大化的错误倾向在全党开始蔓延，有些人认为《七万言书》是“农奴主夺无产阶级专政的权”，是一部“反党反社会主义的反动纲领”。班禅和李维汉等，包括习仲勋在内，都因此被批判。再加上受小说《刘志丹》案的影响，习仲勋也陷入沉冤。从此他和班禅的交往中断了十几年。
党的十一届三中全会前后，习仲勋和班禅的冤案都得以平反。老友重逢再相见，感慨万千。班禅见到习仲勋时很不安地说：“因为我的《七万言书》，把你给连累了，真对不起。”习仲勋对他说：“这不是谁连累谁的问题，我们都受到了锻炼和考验，增长了见识，党对你是了解的。”
劫后相交情更浓
党的十一届三中全会后，十世班禅坚决拥护党中央关于拨乱反正的决策，积极协助党中央落实民族宗教方面的各项政策。党中央对班禅也给予充分的信任。
1980年底，习仲勋从广东回到中央后又分管民族、宗教、统战等工作，先后担任全国人大常委会副委员长、中央书记处书记、中央政治局委员等职。班禅此时也肩负着国家领导人和宗教领袖的双重重任。尽管他们在这一时期各自担负的任务更繁重，工作更繁忙。但是，他们见面交往的时间并没有减少，坦诚相见的习惯一如既往。
每当班禅视察、出国和进行其他重大活动时，习仲勋总是劝告他：一要注意身体、安全;二遇事要冷静、不要动气。班禅每次回来总是来找习仲勋谈谈心，什么话都谈。习仲勋对他在工作中取得的每一次成绩和进步都由衷地感动高兴，对他的工作也大力地给予支持。
1982年的一部电影《少林寺》，使千年古刹少林寺雄风重振。自1984年4月少林寺开始独立经营，门票权和寺院的管理权都交给了僧人，仅当年门票就有不少的收入。少林寺的门票收入对于偏僻的农业小县登封县来说是个巨大的收入，地方政府自然不大情愿。县里成立了嵩山管理局，把少林寺交给嵩山管理局管理。班禅对此事提出了强烈批评，他甚至在少林寺僧人的上访材料上写下“就这件事闹到底，不搞个水落石出决不撒手”的激烈字眼。与此同时，班禅还向中国佛教协会会长赵朴初提出要亲自去少林寺走一趟，查看实情。少林寺僧人的上访材料很快转到了分管宗教事务的习仲勋手上，习仲勋看到班禅发这么大的火，立即指出：“抓政策落实，精神可嘉，但不要火气太大”，“少林寺由僧尼管理为宜”，“如拖着不办，再派大员去查明原因何在?或请大师亲临督促”。最后这件事得到妥善解决。
