这次见面，习仲勋和班禅进行了深入而友好的交谈。习仲勋说：你回西藏后不要急，要照顾全局，首先要做好藏族内部的团结，这样西藏各方面的工作才有希望。习仲勋还根据中央的精神，向我党派去陪同班禅进藏的负责同志交代了做好西藏工作的意见。分别之际，班禅很动感情，他紧握着习仲勋的手说：“习书记，我一定不辜负党中央、毛主席和西北局的重托，不辜负全国人民的期望，努力做好民族团结工作……”
1952年4月28日，班禅抵达拉萨。自那以后到1962年，习仲勋受中央委托，一直负责同班禅联系，他们之间的关系越来越密切。在北京的每年春节，班禅只要在京，习仲勋全家必有一天是和他在一起度过的。
历经坎坷情可贵
十世班禅性格刚直豪爽，知无不言，言无不尽。这一点习仲勋十分了解，而且认为非常难得。正是由于有这样的了解，习仲勋对他一直是坦诚相待，以心换心。习仲勋常对他说：“为了党和人民的事业，为了国家的统一和团结，我们两个人什么话都可以说，我有错误你批评，你有错误我批评，实事求是。”
西藏和平解放后，班禅十分关心西藏社会的发展和进步，积极拥护西藏的民主改革。1959年3月10日，西藏上层反动集团为了维护封建农奴制度，反对民主改革，公然撕毁17条协议，发动了全面的武装叛乱。鉴于这种情况，国务院下令解散了原西藏地方政府，由西藏自治区筹委会行使地方政府职权，任命班禅为筹委会代理主任委员，并确定边平叛边改革的方针。
西藏地区民主改革后期，出现了一些“左”的偏向和不切合实际的做法，一些地区的藏民有比较大的抵触情绪，向班禅反映了不少意见。班禅也对一些汉族干部的工作作风很不满意，到北京向中央领导反映情况。毛泽东、周恩来和中央统战部部长李维汉等同志都分别听取了班禅的意见。毛泽东称赞班禅敢于讲真话的好作风，并对他提出的一些好意见给予了肯定和鼓励。
这期间，中央派国家民委副主任杨静仁去西藏调查。1961年1月，邓小平在听取了杨静仁的汇报后，指示西藏民主改革后要防“左”、防急，并且确定西藏稳定发展、5年不办合作社的方针。此后，班禅回西藏主持工作，并到其他藏区视察。1962年5月，他向国务院呈送了一份《关于西藏总的情况和具体情况以及西藏为主的藏族各地区的甘苦和今后希望要求的报告》，系统地提出了对西藏和其他藏区工作的批评和建议，全文合计7万多字，被称为《七万言书》。报告共分8个部分：关于平叛斗争;关于民主改革;关于农牧业生产和群众生活;关于统一战线;关于民主集中制;关于无产阶级专政;关于宗教;关于民族工作。报告比较系统地、直言不讳地分析藏区工作中出现的一些重大失误及其原因，对存在的问题提出了尖锐的批评，也提出了改进的意见和建议。
党中央、国务院对此十分重视，认为班禅的大部分意见和建议是好的，但也有一些话是过头的。习仲勋作为国务院副总理兼秘书长，受周恩来的委托多次去看望班禅并同他交谈。班禅火气很大，也说了一些激烈的话。习仲勋充分肯定了他敢于向党直言不讳地提意见的可贵精神，同时劝他不要动气，不要说气话。对习仲勋的劝说，班禅消了气后说：“你讲的我接受，你从小看着我长大，从一开始就帮助我，你是代表党的，作为个人又是朋友。你是为我好，我感激，但有些不该说的气话已经说出去了，我今后注意就是了。但我说明，我是真心为党好的。”
