史书记载说：大妃阿巴亥“虽然有机变，却终于为努尔哈赤的英明所制服”，可能就包括了这件事情。随后，努尔哈赤宣布：“该大妃奸诈虚伪，人所有的邪恶她全都有。我努尔哈赤用金银珠宝从头到脚地妆饰你，用别人见所未见的上好绸缎供着你，养着你，你竟然不爱你的汗夫，把我蒙在鼓里，去勾引别人，难道不该杀吗？”随后，将这位大妃休弃。当时，努尔哈赤另外一位蒙古族的小妃子也加入战团，揭发阿巴亥。史书中说，大妃阿巴亥好嫉妒，大约由此可以得到证实。（《满文老档》，太祖卷十四。）
或许，努尔哈赤对阿巴亥的情意并未泯灭，故不到一年又将她接回，继续做大妃。在成书时间最早的清代官方史书《太祖武皇帝实录》中，记载道：由于大妃有机变且好嫉妒，使努尔哈赤觉得不快，“留下她恐怕身后会祸乱国家，于是预先给诸王交代遗言说：‘等我死时，必须命令她为我殉葬。’”后来，努尔哈赤死后的第二天一大早，诸王便来向她转达努尔哈赤的命令，大妃支吾不从。诸王说：“先帝有命令，想不遵从是不可能的。”最后，在诸王寸步不让的坚持下，大妃阿巴亥自缢而死。
也有史书认为，她是被用弓弦勒死的。就此，阿巴亥之死遂成为前清历史上最重要的谜团之一，引发出无数猜想与争论。
