如果说朱元璋只是怀疑李氏与别人私通而生下私生子朱棣的话，那么，最能证明朱棣是私生子的是因为人们认为朱棣的生母是元顺帝妃洪吉喇氏。
元朝至正年间，朱元璋跟随郭子兴起兵反元，郭子兴病死后，朱元璋取而代之，南征北伐，先占领集庆后又攻下大都。元顺帝看看大势已去，遂弃大都，退守蒙古。朱元璋入城后亲临元顺帝后宫，看到落难人群里有一位美女，姿容娇美、眉目含情，顿时引起朱元璋的注意，遂收她为妃子。
这个女子即元顺帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元顺帝洪吉喇托太师的女儿。其实，早在朱元璋攻占北京之前，洪吉喇氏已怀孕七个月，元顺帝出逃时，不方便带上，让朱元璋白白地捡了一个女人和一个儿子。两个月后，洪吉喇氏生下一个儿子，这就是即朱棣。当时朱元璋心中知道此子非己子，并不想认这个儿子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜欢上了。况且，说自己的后宫女人生了其他男人的孩子，传出去可是一桩天大的皇家丑闻，朱元璋此时不得不认下这个儿子。
虽然，对于朱棣的身世之谜多有各种说法，朱棣的身世之谜也如此诡异，让人们多是雾里看花。但是，世间的事情大都市无风不起浪，朱棣的私生子身份恐怕难以洗清。当然，虽说朱棣难以逃脱私生子之嫌，但他毕竟是明朝历史上一位最伟大的私生子。
朱棣十一岁就被父亲朱元璋封为燕王，二十一岁就藩北京，当时蒙元的势力虽然已经被赶到了大草原上，但还具有相当强的军事实力，并不断骚扰明朝的北部边境。因此北京并不安宁，它是作为一个军事重镇而存在的。朱元璋将朱棣分封在北京，就是希望自己的儿子能代替功臣宿将掌握兵权，从而使明朝的政权更加稳固。可谁知就是这个四皇子，竟利用手中的兵权最终夺取了皇帝的位子，这是当初朱元璋无法预料到了。
朱棣在北京期间，在众多忠臣猛将的指导下，迅速成长为了一位合格的军事指挥家，并在对元朝的作战中取得了重大的胜利，自己的军事实力得到了加强，在洪武末年已经成为北方最强的一镇诸侯。
