日本政府4月21日表示，中方扣押日本货船的行为违反1972年《日中联合声明》的精神。根据该声明，中国放弃了对日本的战争赔偿要求。
首相安倍晋三也对中方举措表示不满，称“接到货船被突然扣押的通报，政府对此感到遗憾”。
在中方重申该案件是一起“普通商业合同纠纷案”、“中国扣押日本货船一事与中日战争赔偿问题无关”后，日本官方的态度似乎有了明显转变。
4月22日，日外务省官员表示，不认为日企货船被扣违背日中联合声明，同时商船三井在与作为原告的中国企业进行和解协商。
4月24日，日本内阁官房长官菅义伟在记者会上表示，“似乎中方也称(与战争索赔)不同，应该区别看待”。
菅义伟还称，此案“一直在审判中，没有超出时效，从这个意义上说应该属于特殊案例”。
日本把事件政治化是想抹黑中国
日美一些媒体把商船三井货船事件视为“中国对日攻势”。美国彭博社《商业周刊》4月23日援引美国宾夕法尼亚大学东亚研究中心主任戴杰的话说，“如果再发生一系列扣押资产现象，中国获得的回报将迅速减少并对其产生负面影响”。
美国《洛杉矶时报》议论说，“这是对中日战争冤情尚未了断的最新提醒”。对此，上海国际问题研究所日本研究中心主任李秀石告诉记者，此案是商业诉讼，证据确凿，现在只是履行判决。日本要把它和政治联系起来是很牵强的，是日本单方面的说法，无非想抹黑中国。
