但此后在北京的军事机关中，反教条主义的空气日趋浓厚。在一次会上，萧克听到彭德怀讲过这样一段话：“有些话我现在不想说，因为我出身寒微，没有上过学，不是学术权威;我也不是老资格，既不是南昌起义，也不是秋收暴动的;要查党龄，我都不如人家。”“训总撤了我国防部长的职，我进不了训总的大门;南京军事学院又有土专家，又有军事权威，我不敢进去。”彭德怀带有情绪，话中有话，使萧克震动。
1958年5月22日，中央军委扩大会议召开。军委扩大会开了两个星期，反教条主义就成了会议的主题。随后，毛泽东又发出新指示，军委扩大会马上按照毛泽东的新指示进一步扩大范围，而且转移到中南海怀仁堂召开。毛泽东讲话说：“现在学校奇怪得很，中国革命战争经验不讲，专门讲十大打击，而我们几十次打击也有，却不讲……不知道军事学院、训练总监部到底有多少马克思列宁主义。马列主义本来是行动的指南，而他们当作死教条来啃马克思、列宁的话，一定批评他们是教条主义。”毛泽东在结尾还不适当地评价刘伯承。由于当时主持会议的人向毛泽东反映：萧克抵抗反教条主义运动，拒不检讨。毛泽东便说：萧克是坏人，是资产阶级队伍的人。
随后，军委扩大会议逐步升温，采取大鸣、大放、大字报、大辩论等方式，批判教条主义资产阶级军事路线、反党宗派活动等等，会上先后点了萧克、粟裕、叶剑英、刘伯承的名。更令萧克寒心的是，当时刘伯承身体不好，眼压较高，正在外地住院治疗，接到开会通知，竟冒着失明危险带病前来出席会议，他是让人搀扶着走上台检讨的。他的检讨实事求是说明情况，也有违心的自我批判。他除迫于压力外，更重要的是想尽快平息这件事，保护一批同志。
后来总政治部派工作组介入运动，总政有些领导人附和彭德怀的观点，支持“训练总监部是教条主义司令部”“军事学院是教条主义大本营”的观点，于是运动出现了一边倒的现象。
对此，萧克不赞成。他认为军队的训练方针，是经过军委审定、批准的，而且是叶剑英提出并由军委正式颁布的。他对彭德怀等人的看法表明了意见。但那时党的生活很不正常，已无民主可言。有些人说“共同条令是反党反中央，反对军委、反对军委正确路线，企图改变我军面貌的纲领”。萧克等人只能坐在被告席上挨批斗，根本没有说话的权利。
军事学院训练部部长蔡铁根在会上申辩说“共同条令是经过彭老总修改和毛主席批准的”，话未说完，就被人连轰带扭，当场带走关押。
