暗杀是蓝衣社最受人诟病的活动。有两个著名的被害人是军阀将领，其中一人涉嫌和日本人有往来;还有两人是天津的亲日报人。这反映出蓝衣社强烈反日分子的心态，该社的一份出版品声称一九三三年春天，它在武汉杀了四十名勾结日本人的“叛徒”。虽非亲日派，但批评蒋不遗余力的自由派人士也有遭到蓝衣社毒手的;中国保护人权联盟两名会员遇害，一是联盟副主席杨杏佛，一是上海最著名的中文报纸《申报》负责人史量才。蒋有可能并没下令干掉这些人，蒋的情报头子戴笠或许未请示老板就自作主张(这样蒋就可否认涉及)。不论怎么说，报界把这笔账通通记在蓝衣社和蒋本人头上。更重要的是，蒋即使事先不知情，他也没在日记中显示关心它们，也没提到他试图制止这种行为，以免恶名昭著。
除了这些个案，某些历史学家指控蓝衣社涉及广泛杀人最戏剧化的证据，是《大美晚报》(Shanghai Evening Post and Mercury)一九三三年七月十九日刊出的一份“神秘文件”。据说，这份文件由蒋介石的“中国法西斯组织”发出，把五十五名“中国领导人”列入“暗杀对象名单”。伊罗生的杂志《中国论坛》(China Forum)把这份文件交给《大美晚报》。伊罗生公开表态亲共，日后成为托洛茨基派，不是没有偏见，但是他并没向《大美晚报》隐瞒此一“神秘文件”是由中共中央印刷局交到他手中。
据说，戴笠手下在上海的外国租界搞绑架，有人指责他们“大规模”干这些勾当。据说大部分受害人是“无名”的学生和工人，因此无法估计人数。两个出名的案例是作家丁玲和左翼帮派刺客王亚樵。丁玲一九三三年初加入中共，但实际上是被租界警察逮捕，再交给南京，不是被戴笠手下绑架。她获得假释，在南京住了三年后逃跑以严重的异议分子而言，这个待遇算不上严苛。王亚樵则被判刑十年。
