武汉失陷，蒋介石并未随国民政府迁渝，而是到湖南部署继续抗战。10月28日，国民参政会第二届会议在重庆开幕，蒋介石致电会议，认为日军自进窥武汉以来，死伤三十余万，计穷力绌，抗战已入“第二阶段”。他估计，“吾人预定覆灭敌人之计划，必可实现于不久将来。”《总统蒋公大事长编初稿》，第1308-1310页。11月7日，他在长沙主持军事会议。25日，又在南岳主持军事会议。11月30日，视察桂林，设置军事委员会委员长桂林行营，以白崇禧为主任，统筹西南抗战。直到12月8日，蒋介石才到达重庆。这一天，本来是汪精卫预定的出逃之日，但因蒋的到来，汪不得不改变计划。12月9日，蒋介石在重庆黄山官邸约集孔祥熙、汪精卫、王宠惠、叶楚伧、朱家骅等人谈话。汪精卫坚持对日主和，他表示：中国和日本都有困难。“中国之困难，在如何支持战事;日本之困难，在如何结束战事”，“故调停之举，非不可能”。“日本果能觉悟中国之不可屈服，东亚之不可独霸，则和平终将到来。”《傀儡组织》(三)，第51-52页蒋介石所言与汪精卫相反，日记云：“下午，与党政各同志谈话，指示以后对倭方针，言明只要我政府不与倭言和，则倭无法亡我。并明告其只要我政府不与言和，则我政府即使失败，国家必可因此复兴。况政府至今决无失败之理，且革命政府旨在主义成功，而不怕一时失败也。”《蒋介石日记》(手稿本)，1938年12月9日。当时，蒋介石正在谋求共产党加入国民党，两党合并为一个新的“大党”。谈话中，汪精卫询及此事，认为“可虑”。《王世杰日记》第1册，第446页。国民党关于这一天的谈话，蒋介石后来电告龙云时也说：“中此次在渝，并曾详切面告汪先生等，以日寇之狡狯毒辣，若我有人向其谋和，则寇之狰狞面目必毕露，万不可为。”《总统蒋公大事长编初稿》，第1327页。可以看出，汪主张与日本言和，蒋反对与日本言和。针锋相对，泾渭分明。后来汪精卫回忆说：“12月9日，军事委员长蒋中正至重庆，(兆铭)复激切言之，卒不纳。”汪精卫：《曾仲鸣先生行状》，《河内血案》，档案出版社1988年版，第202页。可见二人之间辩论的激烈。蒋这一天的态度使汪精卫等大为失望。陶希圣致函胡适说：蒋先生12月8日到重庆。他的态度完全改变。对于国家处境困难，全不考虑。他的全部计划在提携共产党。他说日本没有兵打仗了。他对日本的和议，不假思索的拒绝。这样的变动，以及客观的困难，使汪先生及我们都感到一年半的努力进言都成了画饼，更都成了罪状。眼见国家沦落到不易挽救的地步，连一句负责的老实话都不能说。幻想支配了一切。我们才下决心去国。《胡适往来书信选》，(中)，第397-398页。陶希圣的这段话，生动地描写出蒋介石和汪精卫等人的两种不同精神面貌。汪精卫等人，最初是在国民政府内部“主和”，现在，由于和蒋介石意见对立，只能到政府之外去“主和”了。
12月16日，日本内阁成立兴亚院，其目的在于加强对中国占领区的统治，其总裁由日本首相兼任，副总裁由外相、藏相、陆相、海相兼任。在中国北平、上海、青岛、汉口、广州、厦门等地设有分支机构。此前2日，蒋因感冒未上班。16日，汪精卫到蒋处探病，蒋当日的日记说：“日本对中国之最后目的云者，乃灭亡中国之谓也。兴亚院成为确定对华政策执行之枢纽者，乃以兴亚院为中国之断头台。换言之，灭亡中国之总机关也。因此兴亚院之成立，中国若要自取灭亡，俯首而上断头台则已，否则除抗战拼命以外，再无第二道路矣。”《蒋介石日记》(手稿本)，1938年12月16日。武汉会战期间，蒋也曾幻想过以和平方式结束中日战争，但从这一则日记可以看出，严酷的现实终于使他认识到，摆在中国人民面前的只有抗战一途。当时，日本特务土肥原约原天津市市长萧振瀛到香港见面谈判，蒋决定不准萧赴港，对土肥原“坚拒不理”。《蒋介石日记》(手稿本)，1938年12月17日。
